相似基因

传送门

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在这里暂且把第一组基因成为组一，第二组基因为组二。
先把f[i][0]初始化：假如都为空，第i个基因的相似度。
组二同理。
为什么要初始化呢？
f[i][j]有三个来源，当其来源于f[0][j-1]或f[i-1][0]时，代表了之前的基因什么都不对应相似的最高，可能对应某个基因后相似度反而变小了。假如不初始化，则默认值为0，可造成结果增大，因为本题有负值。
f[i][j]表示组一的第i个基因与组二的第j个基因对应的最大值。
f[i][j-1] + Form[Gene_2[j]][4]：在组一的第[i][j]个位置插入空碱基，与组一的第i个对应
f[i-1][j] + Form[Gene_1[i]][4]：在组二的第[i][j]个位置插入空碱基，与组二的第j个对应
f[i-1][j-1] + Form[Gene_1[i]][Gene_2[j]]：直接对应的值

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#include<iostream>
#include<cstring>
#include<cstdio>
#include<cmath>
#include<cstdlib>
#include<algorithm>
using namespace std;
string t1,t2;
int Gene_1[100],Gene_2[100];
int Form[5][5]= {
    {5,-1,-2,-1,-3},
    {-1,5,-3,-2,-4},
    {-2,-3,5,-2,-2},
    {-1,-2,-2,5,-1},
    {-3,-4,-2,-1,0}
};
int f[100][100];
int Compare(int a,int b) {
    return Form[a][b];
}
int main() {
    int Len_1,Len_2;
    scanf("%d",&Len_1);
    cin>>t1;
    for(int i = 1; i<=Len_1; i++) {
        if(t1[i-1] == 'C') {
            Gene_1[i] = 1;
        } else if(t1[i-1] == 'G') {
            Gene_1[i] = 2;
        } else if(t1[i-1] == 'T') {
            Gene_1[i] = 3;
        }
    }
    scanf("%d",&Len_2);
    cin>>t2;
    for(int i = 1; i<=Len_2; i++) {
        if(t2[i-1] == 'C') {
            Gene_2[i] = 1;
        } else if(t2[i-1] == 'G') {
            Gene_2[i] = 2;
        } else if(t2[i-1] == 'T') {
            Gene_2[i] = 3;
        }
    }
    for(int i = 1; i<=Len_1; i++) {
        for(int j = 1; j<=Len_2; j++) {
            f[i][j] = -9999;
        }
    }
    for(int i = 1; i<=Len_1; i++) {
        f[i][0] = f[i-1][0] + Form[Gene_1[i]][4];
    }
    for(int i = 1; i<=Len_2; i++) {
        f[0][i] = f[0][i-1] + Form[Gene_2[i]][4];
    }
    for(int i = 1; i<=Len_1; i++) {
        for(int j = 1; j<=Len_2; j++) {
            f[i][j] = max(f[i][j],f[i][j-1] + Form[Gene_2[j]][4]);
            f[i][j] = max(f[i][j],f[i-1][j] + Form[Gene_1[i]][4]);
            f[i][j] = max(f[i][j],f[i-1][j-1] + Form[Gene_1[i]][Gene_2[j]]);
        }
    }
    cout<<f[Len_1][Len_2];
    return 0;
}