Unet医学细胞分割实战

已于 2023-02-24 08:49:06 修改
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分类专栏： 图像分割 害虫检测+缺陷检测+面向医学的深度学习实战 文章标签： 深度学习 人工智能 计算机视觉 python
于 2022-09-04 17:13:22 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qq_52053775/article/details/126689607
版权

代码链接见文末

1.医学细胞数据集预处理

        如图所示，数据集原始标注为单个细胞，需要运行preprocess_dsb2018.py将标注整合到一张图片中。

2.数据增强工具

GitHub - albumentations-team/albumentations: Fast image augmentation library and an easy-to-use wrapper around other libraries. Documentation: https://albumentations.ai/docs/ Paper about the library: https://www.mdpi.com/2078-2489/11/2/125 ，能够同时对数据和标签进行处理，包含物体检测、图像分割等

数据读

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UNet（PyTorch）图像语义分割实战：训练自己的数据集
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【人工智能项目】U-Net实战ISBI细胞分割 一、 实验配置及其参数 本实验采用的软硬件实验环境如表所示： 在Ubuntu操作系统下，采用基于Tensorflow的Keras的深度学习框架，对ISBI细胞分割数据集进行训练和测试。 采用keras的深度学习框架，keras是一个专为简单的神经网络组装而设计的Python库，具有大量预先包装的网络类型，包括二维和三维风格的卷积网络、短期和长期的网络以及更广泛的一般网络。使用keras构建网络是直接的，keras在其Api设计中使用的语义是面向层次的，网络组
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kaggle-dsb2018:Kaggle数据科学碗2018
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简而言之 另请参阅此处的帖子 新手的解决方案-第一次是Kagglers（LB = 0.545） 我是@CPMP的队友+同事。 由于我们大多数人都是第一次Kagglers，我们实现了一个非常简单的U-net，该网络取自@KjetilÅmdal-Sævik的U-net入门者，任何像我们这样的DL新手都可以做到。 模型 除两个输出通道外，与U-net起动器相同：具有binary cross entropy loss masks和contours 前处理 CLAHE（对比度受限的自适应直方图均衡） 仅L通道 仅在背景比前景浅时反转 参考： : 目的是使U-net易于学习其共同功能。 基于颜色的K均值聚类 在火车/测试图像上使用R, G, RG deviation K均值聚类。 正如@Heng所建议的，如果我们一起训练灰度和彩色图像，它们的共同特征是形状/边界，因此神经网络很难学习
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