如何在Ubuntu上安装R包之单细胞Seurat

1.直接安装，必然等待时间良久，最终大堆报错。（个人经验,大咖肯定都安装好配置文件，必然不报错）

BiocManager::install("Seurat")

2.所以我们先安装一些必备文件。

在终端输入以下代码。

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libpng-dev
sudo apt-get install libcurl4-gnutls-dev
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install gfortran    ###(这个可以自行选择版本）

3.继续尝试打开R，输入BiocManager::install("Seurat")。依然报错。

 提示rgeos,SeuratObject包发生错误。我们一个一个解决。

4.安装rgeos包。BiocManager::install("rgeos")

 上述为报错原因，可以看到提示找不到geos-config。

5.安装SeuratObject包。BiocManager::install("SeuratObject")

 提示是由于没有安装依赖包rgeos,所以我们解决regos包就好了。

6.q()退出R，回到终端。依然一行代码解决。当然你也可以自行去下载（wget http://download.osgeo.org/geos/geos-3.9.3.tar.bz2）并解压，然后编译安装。

我们一行代码如下

sudo apt-get install libgeos-dev

安装完毕后，进入R，BiocManager::install("rgeos")就没有问题啦。

7.继续安装Seurat

BiocManager::install("Seurat")

  这下就安装成功了。赶紧进行单细胞测序分析吧