Materials Studio-sorption 吸附模块上手简明教程

本文是关于Materials Studio中sorption模块的简明教程,涵盖了从选择任务、设置温度和步骤、选择方法到设定吸附质和力场的全过程。通过实例讲解了如何进行固定压力计算,并强调了计算设置中的关键参数,如截断半径和力场选择。成功运行后,解析输出文件获取吸附相关参数。
摘要由CSDN通过智能技术生成

写在前面,刚上手一周左右,建立模型后跑起来就是比较机械化的流程了。在这里写一个简明教程算是备忘。如有不足之处欢迎指正。

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使用如图所示的sorption模块对所建立的模型进行计算。

 TASK选择自己需要的模块,我这里选择的是Fixed pressure。

设置steps & Temperature。

选择method。

1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布,采用密度泛函理论、平面波赝势法(用平面波描述外层价电子,内层电子用赝势代替),进行第一性原理量子力学计算的程序。其中总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似(LDA)或广义密度近似(GGA),静电势只考虑作用在系统价电子的有效势(即赝势:Ultrasoft 或norm-conserving),电子波函数用平面波基组扩展(基组数由Ecut-off确定),电子状态方程采用数值求解(积分点数由FFT mesh确定),电子气的密度由分子轨道波函数构造,分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性:  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函;  能量计算:形成能、吸附能、缺陷形成能、内聚能、表面能等;  结构优化:力与应力的计算、几何驰豫(原子坐标、晶胞参数、键长、键角、)等;  过渡态:过渡态搜索等;  电子结构:能带、态密度(局域、分波)、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势(支持可视化)、静电荷(Mulliken、Hirshfeld)、功函数、自旋极化(共线、非共线)、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒(normconserving)赝势,特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素;  介电性质:波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量;  力学性质:弹性力常数张量,体模量,剪切模量,杨氏模量,泊松比;热力学性质:声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线;  光学性质:红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱(NMR CASTEP,可用DFT+U)、电子能量损失谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、X射线吸收谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、光频介电常数虚(实)部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚(实)部;  动力学计算:支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综,以及多种控温控压函数;
OpenLayers 是一个开源的地图库,它提供了丰富的功能和工具来创建交互式地图应用程序。关于吸附功能,OpenLayers 目前没有直接内置的吸附功能。然而,你可以通过编写自定义代码来实现吸附效果。 一种常见的方法是使用 OpenLayers 的事件监听器来捕获鼠标移动事件,并在需要吸附的位置附近检测其他对象或地物的位置。你可以使用 OpenLayers 的坐标转换功能来将鼠标位置转换为地图上的坐标,然后通过计算距离来判断是否需要吸附到其他对象。 以下是一个简单的示例代码,演示了如何使用 OpenLayers 中的事件监听器和坐标转换来实现吸附效果: ```javascript // 创建一个地图实例 var map = new ol.Map({ // ... 地图配置项 }); // 创建一个矢量图层 var vectorLayer = new ol.layer.Vector({ // ... 矢量图层配置项 }); // 将矢量图层添加到地图中 map.addLayer(vectorLayer); // 监听鼠标移动事件 map.on('pointermove', function(event) { // 获取鼠标在地图中的像素坐标 var pixel = event.pixel; // 将像素坐标转换为地图坐标 var coordinate = map.getCoordinateFromPixel(pixel); // 遍历矢量图层上的要素 vectorLayer.getSource().forEachFeature(function(feature) { // 获取要素的几何对象 var geom = feature.getGeometry(); // 计算鼠标位置与要素位置之间的距离 var distance = geom.distance(coordinate); // 如果距离小于一个阈值,进行吸附操作,例如设置新的坐标值等 if (distance < 10) { // 执行吸附操作 // ... } }); }); ``` 请注意,以上代码仅为示例,具体的吸附操作需要根据你的需求进行适当的调整和实现。
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