【Materials Studio学习六】构建固液表面

最新推荐文章于 2025-02-12 01:05:00 发布
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分类专栏： Materials Studio 文章标签： MS 软件学习 DFT计算
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构建固液界面

构建水盒子

建立空的三维文件

在这里插入图片描述

绘制一个水分子

在这里插入图片描述在空白面板点击一下，添加一个氧3，然后按Esc退出
在这里插入图片描述
选择自动加氢
在这里插入图片描述
构建完成
在这里插入图片描述
以上步骤使用步骤大约是下面这样

在这里插入图片描述

调用Amorphous Cell模块进行计算

在这里插入图片描述
计算设置
设置基于哪个文件构建多少个分子，以及设置水盒子的大小
在这里插入图片描述
水盒子的a,b需要与固体表面的相同
在这里插入图片描述
设置好后进行计算，注意要用个人电脑进行计算，在服务器上不可以
在这里插入图片描述计算成功
在这里插入图片描述
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给固体表面构建一个与水盒子一样大的真空层

复制水盒子到固体表面

先给固体构建一个高度与水分子盒子相同高度的真空层，然后将水盒子复制进来
在这里插入图片描述

适当调整

将太近的水分子挪一下或者删除
在这里插入图片描述
在这里插入图片描述这样构建的是一个亲水界面
在这里插入图片描述

材料仿真软件：Materials Studio_（7）.表面和界面建模
kkchenjj的博客
02-26 935
在材料科学中，表面和界面的性质对材料的性能具有重要影响。Materials Studio 提供了多种工具和方法来构建表面和界面模型，并进行详细的性质计算。通过周期性表面模型、非周期性表面模型、二维界面模型和三维界面模型，研究人员可以全面地研究材料的表面和界面特性。此外，Materials Studio 还支持表面和界面的高级应用，如表面反应动力学、表面催化等，以及多尺度建模，结合原子尺度、分子尺度和宏观尺度的方法，提供更全面的材料性能分析。
材料仿真软件：Materials Studio_（6）.分子结构建模
最新发布
kkchenjj的博客
02-26 1189
分子结构建模是材料仿真中的基础步骤，Materials Studio提供了多种工具和模块来帮助用户高效、准确地完成这一任务。从简单的分子构建到复杂的电子结构分析，Materials Studio的功能覆盖了材料仿真中的各个方面。通过本文的详细介绍和代码示例，希望用户能够更好地理解和使用Materials Studio进行分子结构建模和分析。
MS中显式溶剂模型构建的一般步骤
qq_62305141的博客
02-12 567
显式溶剂模型的构建通常涉及以下步骤：创建空盒子。使用模块填充水分子。添加溶质分子。使用DMol3模块进行初步优化。使用Forcite或模块进行分子动力学模拟。使用DMol3模块进行最终优化。通过这些步骤，可以构建一个合理的显式溶剂模型，用于进一步的计算和分析。
Materials Studio计算实战资料大全
weixin_42602241的博客
08-27 2559
本文还有配套的精品资源，点击获取 简介：《MS资料大全——深入探索Materials Studio计算》旨在为用户提供一个全面的Materials Studio学习资源集合。Materials Studio是Dassault Systèmes BIOVIA公司开发的分子模拟软件，提供从原子到宏观尺度的多尺度模拟。本资料大全包括基础教程、官方发布文档、安装使用说明、高级应用策...
materials studio
09-18
用于材料性能模拟。
Materials-Studio-快速入门教程
04-21
该教程将介绍Materials Studio 软件的基本功能，在这一部分，你将学到： 一. 生成Projects 二. 打开并且观察3D 文档 三. 绘制苯甲酰胺分子 四. 观察并且处理研究表格文档 五. 处理分子晶体：尿素 六. 建造Alpha 石英晶体 七. 建造多甲基异丁烯酸盐 八. 保存Project 并结束
【Materials Studio】入门基础篇
haoweixl的博客
12-25 1万+
经典的分子模拟过程构建模型;设置计算参数;运行计算;分析与展示计算结果。完成上述4个步骤，即完成了一次分子模拟。
Materials Studio_培训教材
07-23
该教程将介绍 Materials Studio 软件的基本功能，在这一部分，你将学到： 1.生成 Projects 2.打开并且观察 3D 文档 3.绘制苯甲酰胺分子 4.观察并且处理研究表格文档 5.处理分子晶体：尿素 6.建造 Alpha 石英晶体 7.建造多甲基异丁烯酸盐 8.保存 Project 并结束
计算机材料设计Materials-Studio教程（基础版）——初识Materials-Studio
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11-13 5026
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Materials Studio教程
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材料工作室（Materials Studio）是一款功能强大的分子模拟软件，它是由Accelrys公司开发的，主要用于材料科学和化学研究领域。该软件提供了包括建模、可视化、计算和预测材料性质在内的一系列工具，允许研究人员构建...
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Materials Studio 和 VESTA 是两种在晶体建模领域广泛应用的专业软件。...无论是进行量子力学计算、模拟分子动力学，还是构建和分析复杂的晶体结构，Materials Studio 和 VESTA 都是不可或缺的助手。
Materials Studio中文教程（官方版推荐）.pdf
04-13
1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布，采用密度泛函理论、平面波赝势法（用平面波描述外层价电子，内层电子用赝势代替），进行第一性原理量子力学计算的程序。其中总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分，各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似（LDA）或广义密度近似（GGA），静电势只考虑作用在系统价电子的有效势（即赝势：Ultrasoft 或norm-conserving），电子波函数用平面波基组扩展（基组数由Ecut-off确定），电子状态方程采用数值求解（积分点数由FFT mesh确定），电子气的密度由分子轨道波函数构造，分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性：  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函；  能量计算：形成能、吸附能、缺陷形成能、内聚能、表面能等；  结构优化：力与应力的计算、几何驰豫（原子坐标、晶胞参数、键长、键角、）等；  过渡态：过渡态搜索等；  电子结构：能带、态密度（局域、分波）、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势（支持可视化）、静电荷（Mulliken、Hirshfeld）、功函数、自旋极化（共线、非共线）、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒（normconserving）赝势，特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素；  介电性质：波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量；  力学性质：弹性力常数张量，体模量，剪切模量，杨氏模量，泊松比；热力学性质：声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线；  光学性质：红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱（NMR CASTEP，可用DFT+U）、电子能量损失谱4.4（旋轨耦合效应5.5）、X射线吸收谱4.4（旋轨耦合效应5.5）、光频介电常数虚（实）部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚（实）部；  动力学计算：支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综，以及多种控温控压函数；
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第 2 章 Materials Studio 建模2.1 界面常用操作从 Windows“启动”菜单中选择“程序”Accelrys Materials Stud
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用 Material Studio 来构建我们所感兴趣的吸附表面。最简单的(111)或者(100)面比较容易，但是稍微复杂点的，比如(110)面的构造如果是手工就要稍花力气。而Material Studio这套软件可以轻易的构造大多数晶体的任意切...
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表面建模2固定表面表面吸附结构水分子吸附 固定表面 选中要固定的层，接着按下面操作 设置颜色显示差别 为什么要固定底层？用来代替体相，表面两层一般会发生弛豫； 需要做收敛性测试(取不同的层，算表面能，作曲线，收敛) 表面吸附结构 水分子吸附 吸附水分子构型；遵循阴阳离子相吸引的原则(需要自行调整方向) 把水分子复制，结合movement工具进行移动 将复制的水分子旋转移动一下，遵循阴阳离子结合的原则，调整H的朝向；生成氢键 挪动氢原子的摆动位置，使水分子发生分裂； 结合以下工具进行使用；
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支持Windows 98、2000、NT、Unix以及Linux等多种操作平台的Materials Studio使化学及材料科学的研究者们能更方便地建立三维结构模型，并对各种晶体、无定型以及高分子材料的性质及相关过程进行深入的研究。然后跳出小窗口提示优化已经完成。Materials Studio软件包括如下功能模块：Materials Visualizer、Discover、COMPASS、Amorphous Cell、Reflex、Reflex Plus、Equilibria、DMol3、CASTEP。
gromcs水盒子教程
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### 使用 GROMACS 创建水盒子 为了创建一个溶剂化的体系，在GROMACS中通常会先建立一个空的盒子，再填充水分子。命令`gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro`用于向之前定义好的盒子内添加水分子[^1]。 具体来说： - `-cp newbox.gro`: 指定输入坐标文件为newbox.gro, 这个文件应该已经通过其他手段（比如编辑器或者特定命令）被设置成合适的尺寸来容纳目标结构加上周围的缓冲层。 - `-cs spc216.gro`: 表明用来填充系统的水模型配置来自spc216.gro 文件，这里采用的是SPC/E水模型的一个实例化版本。 - `-p topol.top`: 更新topology文件以反映新加入的组分数量变化情况。 - `-o solv.gro`: 输出最终含有适当数目水分子的新gro格式坐标文件名为solv.gro。 当涉及到复杂分子如JZ4这样的配体时，则需额外注意其特殊处理方式[^2]。对于这类不在标准库中的化合物，必须单独为其准备拓扑描述并将其整合到整体系统之中。 ```bash # 假设已有一个合适大小的盒子文件 'newbox.gro' gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solvated_system.gro ``` 此过程完成后即可获得一个充满水分子且适合后续模拟操作的初始状态。
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