低度节点和序列特征

1. 低度节点（Low-Degree Nodes）

在图结构中，节点的“度”（Degree）是指与该节点直接相连的边的数量。具体来说：

• 入度（In-Degree）：指向该节点的边的数量。

• 出度（Out-Degree）：从该节点出发的边的数量。

• 总度（Degree）：入度和出度之和。

低度节点的定义

低度节点是指在图中度数较低的节点，即与该节点直接相连的边较少。例如：

• 在无向图中，低度节点可能是指度数为1或2的节点。

• 在有向图中，低度节点可能是指入度和出度之和较小的节点。

低度节点的特点

1. 信息有限：低度节点的邻域信息较少，因为它们与图中其他节点的连接较少。这可能导致图神经网络（GNN）在处理这些节点时缺乏足够的上下文信息。

2. 表达能力受限：在图神经网络中，节点的特征更新通常依赖于其邻域节点的信息。低度节点由于邻域信息不足，其特征表示可能不够丰富，从而影响模型的性能。

3. 常见于实际网络：在许多实际的图结构数据中（如基因调控网络、社交网络等），低度节点是常见的。例如，在基因调控网络中，许多基因可能只参与少数几个调控关系。

低度节点对模型的影响

• 预测性能下降：由于低度节点的邻域信息不足，图神经网络在预测这些节点的属性或关系时可能会出现性能下降。

• 信息传播受限：在图神经网络的传播过程中，低度节点可能无法有效地传播或接收信息，从而影响整个网络的表示学习。

2. 序列特征（Sequence Features）

序列特征是指从生物序列（如DNA、RNA或蛋白质序列）中提取的特征。在基因调控网络（GRN）的推断中，序列特征通常用于补充基因表达数据，以更好地捕捉基因之间的调控关系。

序列特征的来源

在基因调控网络中，序列特征主要来源于基因的DNA序列。这些序列可以提供关于基因调控机制的重要信息，例如：

• 启动子区域：基因的启动子区域包含许多转录因子结合位点（TFBS），这些位点决定了基因的转录调控。

• 编码序列：基因的编码序列可能包含影响基因表达的结构信息。

• 非编码区域：非编码RNA（如miRNA）的结合位点也可能对基因调控产生影响。

序列特征的提取方法

1. 隐藏特征（Hidden Features）：

   • 使用深度学习模型（如Bi-GRU、LSTM等）从序列中提取隐藏特征。这些模型能够捕捉序列的时间依赖性和上下文信息。

   • 例如，Bi-GRU可以处理基因序列的k-mer片段（将基因序列分割成长度为k的子序列），并提取其隐藏状态作为特征。

2. 理化特征（Physicochemical Features）：

   • 计算序列的物理化学性质，这些性质可以反映基因序列的结构和功能特性。常见的理化特征包括：

     • Z-curve：通过坐标变换描述DNA序列的几何特征。

     • GC含量：基因序列中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）的比例。

     • AT/GC比：腺嘌呤（A）和胸腺嘧啶（T）与鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）的比例。

     • 核苷酸组成（NAC）：序列中每种核苷酸的频率。

     • k-间隔核苷酸对组成（CKSNAP）：计算序列中k个核苷酸间隔的核苷酸对的频率。

3. 统计特征：

   • 计算序列的统计特征，如k-mer频率分布，这些特征可以反映基因序列的模式和结构。

序列特征的作用

• 补充基因表达数据：基因表达数据通常维度较低，而序列特征可以提供更丰富的信息，帮助模型更好地理解基因之间的调控关系。

• 捕捉基因调控机制：序列特征能够反映基因的转录调控机制，例如转录因子结合位点的存在与否。

• 提高模型性能：通过将序列特征与基因表达特征结合，模型能够更准确地推断基因调控网络，尤其是在处理低度节点时。