文献解读：LigandMPNN

Atomic context-conditioned protein sequence design using LigandMPNN

---

作者信息

David Baker

背景

De novo protein design 主要分为三步：

1. 生成适合目标功能的蛋白质骨架。

   RFdiffusion 去噪扩散概率模型 + RF结构预测网络

   Chroma 扩散模型+分子图神经网络，用于骨架合成和全原子设计

   Proteus 通过集成基于图的三角形技术和多轨交互网络+局部图建模来降低计算复杂度，实现RFdiffusion相似的主干设计能力，同时能达到Chroma相似的蛋白生成速度。

2. 为每个蛋白骨架进行氨基酸序列设计，从而驱动折叠到目标结构，并进行功能所需的特定相互作用(如酶活性位点)。

   ProDCoNN

   DenseCPD

   Rosetta

   ProteinMPNN (参考