如何利用shell脚本调用python并进行传参

shell脚本菜鸡学习日记

用来记载我的笨蛋shell脚本学习之路

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一:情况简述

在一般运行分子动力学时候,我都采用这样一个python脚本,运行方式是xxx.py -p xx.pdb -l xx.pdb -n nember, p:蛋白文件路径 l:配体文件路径 n:使用的CPU数量.但当配体数量一多起来,显然会存在一个耗时耗力的情况,因此希望利用shell脚本实习一个简单的循环

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二、脚本

废话少说,上脚本

#!/bin/bash
protein_file='PAPR1_7KK4.pdb'
lig_files=$(find . -name "*.pdb"|grep -v "7KK4") 
###
 #protein_file 为蛋白文件名
 #lig_files:为找寻当前目录下以pdb结尾并不包含7KK4也就是蛋白文件的配体文件
 #之后利用for循环实现自动化调用python,传入所需参数
###
for lig_file in $lig_files;
do
    python standard_md_procedure_gpu.py -p $protein_file -l $lig_file -n 30;
done

三、总结

道长且阻,继续加油