文献翻译：Comparative metagenomics of hydrocarbon and methane seeps of the Gulf of Mexico

https://www.nature.com/articles/s41598-017-16375-5

摘要

石油和天然气在墨西哥湾沉积物中大量渗透，导致海底大量渗漏，复杂的微生物群落，有时还有动物群落繁衍生息。
对墨西哥湾三个地区的沉积物进行了调查和比较，其中两个地区的冷泉具有不同的碳氢化合物组成，一个地区位于任何活跃渗漏区域之外。
与渗漏微生物组的存在相一致，与活动渗漏区外部的沉积物相比，在渗漏区观察到明显的微生物群落。
沉积物中的微生物群落在不受油气渗漏影响的情况下，以平核菌为特征，其代谢潜力与碎屑海雪降解一致。
相比之下，在以甲烷为主要烃源的渗漏样品中，甲烷被丰富的ANME-1分子氧化可能是主要的过程。
以同时含有甲烷和复杂碳氢化合物的流体为特征的渗漏样品具有丰富的氯曲菌（厌氧菌科）和deltaproteobacteric谱系，并显示出复杂碳氢化合物降解的潜力。
这些不同的代谢能力表明，冷泉中的微生物可能依赖于甲烷氧化以外的其他过程，而渗滤液中的烃类成分可能是构成海底微生物群落组成和功能的关键因素。

背景

墨西哥湾沉积物中蕴藏着大量甲烷和其他碳氢化合物的浅层来源。
其中包括甲烷渗漏1、2、碳氢化合物渗漏3、4、5、天然气水合物丘6、7、8、地下卤水9、沥青10、11、12和泥火山13。
根据流体流速和硫化氢浓度的不同，这些渗漏维持着明显的微生物群落，这些微生物群落可通过白色或有色的微生物垫、泡状肌蛤和/或管蠕虫的聚集体来识别14。
许多研究集中在这些环境中存在的微生物群落上，并且观察到大量依赖甲烷和硫循环的微生物多样性15。

特别关注的是古细菌厌氧甲烷转化菌（ANME）和硫酸盐还原菌（SRB）的联合体，它们将甲烷的厌氧氧化与硫酸盐还原结合起来15。
尽管厌氧甲烷氧化（AOM）的机制自2000年16起就已被研究，似乎涉及一种逆产甲烷途径17、18、19，但确切的过程仍不清楚，根据涉及的物种可能会出现不同的变体18、20。
事实上，不同的ANME（ANME-1a、-b、ANME-1Guaymas、ANME-2a、-2b、-2c、ANME-3、ANME-2d/GoM Arc I/AAA）15、21、22、23与甲烷单胞菌和甲烷单胞菌密切相关。
此外，在这些环境和其他环境中的同营养甲烷氧化联合体中还发现了硫酸盐还原的Deltaproteobacteria（Desulfoscarcina/Desulfoccus组的SEEP SRB1a、SEEP SRB2、Desulforvidus谱系和Desulfobulbus属的一些成员）。
然而，ANME-1和ANME-3被观察到是单特异性的聚集体，质疑ANME古菌和硫酸盐还原的deltaprotobacteria之间的联系是否是专一的21,22,29。
由于ANME序列在16srrna基因检测中的普遍存在，以及ANME和SRB30显著聚集体的显微检测，AOM被广泛认为是冷泉沉积物中发生的主要过程。
因此，参与AOM的微生物联合体一直是海洋渗漏沉积物微生物研究的焦点。

尽管许多未培养的古细菌和细菌谱系与ANME/SRB联合体共同存在，但这些环境中的微生物群落的其他成员还是多少被忽视了14。
非ANME/SRB谱系的相对比例随着与渗漏源的距离和动物群的接近而增加，这表明这些渗漏沉积物中存在除AOM以外的生态位。
此外，通过选择非甲烷碳氢化合物降解物、产甲烷菌和醋酸菌11，渗滤液中石油和高级碳氢化合物的存在也被怀疑在形成现有微生物群落方面发挥了重要作用。
事实上，墨西哥湾渗漏的活性测量表明，非甲烷碳氢化合物的降解显著支持了硫酸盐的还原速率，并且未培养的三角洲蛋白细菌群可能负责降解高分子量的碳氢化合物11。
在硫酸盐还原菌31中检测到与烷烃厌氧降解有关的基因，从渗漏沉淀物中成功培养出烃降解硫酸盐还原剂32,33，以及稳定同位素探测实验34证实了这一点。
此外，单细胞基因组学和大型宏基因组数据集基因组箱的组装，突出了海洋沉积物中一些微生物“暗物质”的代谢潜力。
这些方法揭示了海洋底栖D类群古细菌、深海古细菌、中庭细菌和脱卤孢子虫对有机物的降解能力，以及深海古细菌产甲烷的潜力35、36、37、38、39。
然而，以基因组为中心的宏基因组学只提供了谜团的一部分，海洋深海生态系统中微生物群落功能的整体图景仍然支离破碎。

为了更好地了解海洋渗漏生态系统中的群落结构和不同功能，对墨西哥湾密西西比峡谷三个地区的样本采用了比较多基因和元基因组测序方法。
密西西比峡谷有许多浅层甲烷和产热气体水合物的海底丘40。比较了两个具有不同烃类成分的冷泉点，它们可能反映甲烷和产热气体水合物，以及任何活跃渗漏区域以外的样品。
确定了微生物群落的共同和独特的代谢特征，并辅以地球化学数据，以提供对海洋碳氢化合物渗漏环境中不同微生物过程的新见解。

结果

墨西哥湾沉积物的地球化学特征

2015年10月，在墨西哥湾密西西比峡谷的三个不同位置采集了推芯沉积物样品。
场地1（PC5和PC6）和场地2（PC9和PC10）位于70米远的位置，提供了沉积物表面渗流和白色席状痕迹的明确地球化学证据。
在距离任何可见活动渗漏区域较远的位置，也取了两个推挤岩芯（PC11和PC12）作为“背景”参考样品。
在这些沉积岩芯中观察到不同的孔隙水成分（表1）。
在所有样品中硝酸盐低于检出限（<0.08 mM）。
相对于海水，现场1（PC5和PC6）的渗出和现场2PC10的核心的硫酸盐部分耗尽。
在PC10内核中，7.88 毫米和12.93 mM硫酸盐分别出现在3–4 cmbf和10–12 cmbsf处，而硫酸盐浓度随深度的增加而降低，从1号位置到13号位置 3–4 cmbsf下的mM硫酸盐降至5.3 PC5中11–12 cmbsf处的毫米（表1）。
相比之下，渗漏区外的沉积物岩芯（PC11和PC12）以及场地2的PC9呈现出相反的对比剖面，硫酸盐消耗量为3–4 cmbsf（10 mM硫酸盐）和海水硫酸盐浓度（27 mM）在10–12 cmbsf。
此外，除PC9（表1）外，所有渗漏点的岩芯中均检测到硫代硫酸盐。
总体而言，在甲烷浓度低于0.05的沉积物样品中检测到低甲烷浓度 µ渗漏区以外的所有沉积物样品以及PC9中的M。
浓度为2.55µM的甲烷 和169 µ在PC10（位点2）和PC5（位点1）的底部分别检测到M（表1）。
此外，对现场1推覆岩芯（PC5和PC6）沉积物的GC分析表明，存在未溶解的碳氢化合物与各种芳香化合物和霍帕烷类化合物的复杂混合物（UCM）（表1），如之前在密西西比峡谷40的天然气水合物中观察到的。
甲烷是在2号场地（PC9和PC10）沉积物中检测到的唯一碳氢化合物。

Table 1 Geochemical description and microbial abundance of the samples. UCM: Uncharacterized complex mixture. ND: Not Determined.

墨西哥湾沉积物中的微生物丰度

使用定量PCR估计的微生物丰度在墨西哥湾渗漏和非渗漏地点的沉积物中不同（表1）。
在渗漏区以外的沉积物（PC12和PC11）中，16srrna基因丰度（细菌+古细菌）为1.5 ± 0.6 × 108个16srrna每克整个沉积物岩芯。
在这些沉积物中，细菌16srrna基因占总16srrna基因丰度的82%，占1.25% ± 0.6 × 108个16srrna每克在1号站位沉积物（PC5和PC6）中，16srrna基因总丰度是非渗漏沉积物的10倍，平均为9.7 ± 2.1 × 108个16srrna每克在PC5的3–4 cmbsf沉积层和整个PC6中有1个。
PC5底部（10-12cmbsf）沉积层微生物丰度增加，其中含3.13 × 109个16srrna每克在PC5和PC6沉积岩芯中，细菌在3–4 cmbsf沉积层中占优势（占16S rRNA基因丰度的85%），而在10–12 cmbsf沉积层中检测到相似数量的细菌和古菌。
在场地2沉积物（PC9和PC10）中，微生物丰度是不均匀的，可能是由于局部渗漏造成的。
在PC9沉积岩芯中，3.6 × 108个16srrna基因−细菌基因占16srrna基因丰度的80%。
相比之下，超过1.3 × 109个16srrna基因−在PC10沉积物中检测到1个古细菌基因，分别占原核生物16srrna基因总数的52%和57%。

墨西哥湾沉积物中的微生物群落组成

通过16srrna基因测序，墨西哥湾沉积物的