宏基因组有参分析和无参分析差异

本文参考 宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

分析流程

• 有参流程：质控–物种组成和功能组成分析–差异分析及可视化
• 无参流程：质控–物种分类–序列拼接–基因注释–去冗余–基因定量–功能注释–差异分析及可视化

注：无参分析需要非常大的比对数据库，所以服务器配置最低256G内存，推荐内存512G以上，以保证正常运行

解决问题

有参可以回答的科学问题

1. 样本中有什么？
   物种组成（包括宿主、细菌、真菌、病毒、原声动物等）
2. 样品中有哪些功能基因？
   功能基因组成–潜在的功能，注意潜在因为是DNA
3. 组间物种和功能差异？
   分组有关的物种分类（OTUs／种／属／科）
   和功能（通路／模块／同源簇／基因）

无参可以回答的科学问题

1. 样本中有什么？
   物种组成（包括宿主、细菌、真菌、病毒、原声动物等）
2. 样品中有哪些功能基因？
   功能基因组成–潜在的功能，注意潜在因为是DNA
3. 组间物种和功能差异？
   分组有关的物种分类（种／属／科）
   和功能（通路／模块／同源簇&