宏基因组分箱后续

在获得了binning结果之后，下一步应该进行什么分析呢？本文将针对binning之后的分析思路进行梳理。
参考文献：Genomic inference of the metabolism and evolution of the archaeal phylum Aigarchaeota
文献讲解：Nat Commun：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)

1.分箱流程

请参考?
Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读
分箱获得结果：

• bin
• 物种注释
• prokka功能注释

2.代谢潜能分析

代谢潜能分析需要基于prokka的结果进行KEGG等数据库注释，一般针对某一高丰度门进行分析

2.1代谢通路构建

根据基因存在与否进行代谢通路构建，一般关注主要C，N，S，能量代谢通路，还可以根据研究对象所处环境进行针对性分析
关注点：厌氧／需氧，自养／异养，利用的C源等
需要手动整理，非常画时间

2.2基因簇分析

保守区域比对：CDD库

代谢物合成基因簇：
antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测
参考：Novel soil bacteria possess diverse genes for secondary metabolite biosynthesis
中文解读：