宏基因组分箱后续
在获得了binning结果之后,下一步应该进行什么分析呢?本文将针对binning之后的分析思路进行梳理。
参考文献:Genomic inference of the metabolism and evolution of the archaeal phylum Aigarchaeota
文献讲解:Nat Commun:宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)
1.分箱流程
请参考?
Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读
分箱获得结果:
- bin
- 物种注释
- prokka功能注释
2.代谢潜能分析
代谢潜能分析需要基于prokka的结果进行KEGG等数据库注释,一般针对某一高丰度门进行分析
2.1代谢通路构建
根据基因存在与否进行代谢通路构建,一般关注主要C,N,S,能量代谢通路,还可以根据研究对象所处环境进行针对性分析
关注点:厌氧/需氧,自养/异养,利用的C源等
需要手动整理,非常画时间
2.2基因簇分析
保守区域比对:CDD库
代谢物合成基因簇:
antiSMASH数据库:微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测
参考:Novel soil bacteria possess diverse genes for secondary metabolite biosynthesis
中文解读: