本文探讨了群体表观遗传差异，重点分析了SNP在顺式和反式对表观遗传标记的影响，包括对5mC甲基化的影响。研究指出，大部分表观遗传差异受顺式调控序列多态性影响，而SNP可能导致染色质状态变化，影响转录因子结合。此外，还讨论了表观遗传差异的遗传性和来源，以及群体间表突变的作用。
群体表观遗传差异
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文献：Genetic source of population epigenomic variation
Nature Reviews Genetics 2016 影响因子15+
用chromatin state maps定义表观基因组
chromatin state maps：计算上整合了不同表观遗传标记的全基因组测量
- a. 表观遗传mark在基因组中的共存情况决定其功能
- b. 检测表观遗传mark
- c. 根据不同表观遗传mark的共存与否，定义每个位点的chromatin states（此处为计算难点，结果决定chromatin state maps结构）
- d. 以二倍体M为例展示差异chromatin states（DCSs）的影响因素。三个DCS，DCS2由SNP2导致，DCS3由环境因素E4暴露程度决定，DCS1由有丝分裂的随机过程导致。（此处为统计难点，如何区分不同因素）
表观遗传marks
- active marks
monomethylated histon H3 lysine 4 (H3K4me1)
trimethylated H3K4 (H3K4me3)
actylated H3K2
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