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原创 如何在文章中展示高清的IGV图片
网址:https://igvteam.github.io/igv-webapp/https://igv.org/app/如果你需要在文章中展示感兴趣的区域,可以按住shift键进行选择,这时候,即使不同的区域之间有交叉,它也能清楚的给你显示出来,方便你在文章中展示。仔细看过很多发表的文章,如果它们想要展示igv的图,大部分都使用的是screenshot, 但是那样得到的图非常不清楚。但是如果使用igv-webapp就可以解决这个问题,因为它可以保存svg格式的图片,svg是矢量图,就是类似PDF的图,无
2024-05-30 10:49:35 225
原创 方法学文章(1)------Self-assembling manifolds in single-cell RNA sequencing data
单细胞 PCA knn
2022-10-23 17:07:08 474 1
原创 单细胞文献阅读(1)
单细胞文献阅读(1)写自定义目录标题)文章基本信息标题Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of nasopharyngeal carcinoma作者这个作者是港大的主要内容这篇文章主要做了14个样本,这14个样本中大部分都是得了鼻咽癌的病人,有3个是对照(鼻咽部淋巴增生)。作者对这些
2022-04-01 12:05:53 785 2
原创 Task01
分组计算统计量h1n1_flu %>% group_by(sex,employment_status)%>% summarise(n())得到的结果为这个代码是通过管道操作符,首先对h1n1_flu这个数据集进行分组,先用sex作为第一个分组的值,以employment_status作为第二个分组的标准。最后用summarize()创造一个新的dataframe,最后显示每一个分组变量的个数。...
2021-08-19 22:55:11 64
原创 常用数据探查函数
Task01–data structure@TOCglimps()library(dplyr)h1n1_flu<-read_csv('/Users/shixinjin/Desktop/h1n1_flu.csv')glimpse(h1n1_flu)最终得到的结果为从这里就可以看出,glimpse()起到了一个print()的转置功能,有时候,如果列数太多,用print()打印出来看不出来数据的全部列,这时候为了能看到所有列数,就可以使用glimpse()str()str(h1n1_f
2021-08-18 08:13:23 714
原创 有意思的经历
可以用学生邮箱去申请Navicat和pycharm。虽然Navicat的网页上有写一些资助的学校,即使你的学校不再那个范围内,你也依然可以申请,它会通过的。Pycharm通常通过的很快,Navicat会等一天,然后给你回复。感觉好开心,觉得这些企业很好。只要是学校邮箱就可以,即使我们学校的邮箱不是edu结尾,但是确实是学校的,所以,依旧可以申请。大胆去尝试呗~...
2020-12-15 19:10:37 100
原创 使用UAS-GAL4系统在果蝇中敲低某一基因的表达
在果蝇中,有一个比较著名的系统:UAS-Gal4系统。利用这个系统可以表达某一个基因。这个系统需要两种品系的果蝇,一种是Gal4品系的果蝇,另外一种是UAS品系的果蝇。下面我们来分别看一下这两个品系的果蝇。Gal4品系的果蝇:gal4是一个表达转录因子的基因,这个基因最开始是在酵母中发现的,然后科学家把它在果蝇中特定的组织中进行表达(没看文献,可能是把它克隆到某一个质粒载体上,然后这个质粒载体具有与想要进行特定表达的染色体可以重组的位点)。总之,就是它可以被插到染色体上,在它的上游具有增强子或者启动子
2020-06-28 18:43:10 12706 7
空空如也
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