小红书奇遇记_我的单细胞分析_scn7a成纤维细胞-CSDN博客

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网上偶遇科研人求助，博主与之聊天，想起同是天涯沦落人的辛酸史，偶感相逢即是缘的神奇，仅凭我与他人技术论道，都能找到我这样的单细胞老玩家，只能说她真幸运啊！

不说了，给有缘人来个惊喜把，希望给我推荐点业务把，毕竟现在转行当销售了，也不能磨灭我的单细胞技术。

我看了下数据，垃圾的一批，吐槽某伯，于是把阈值放宽了很多

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在吐槽同行公司一下，好多双细胞啊1410个

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接着祖传harmony整合，我用的scanpy哈，别问我为啥，应为我有GPU加速啊。随后我看到0.1分的还是挺好的研究下

![在这里插入图片描述](https://i-blog.csdnimg.cn/direct/a4bbfb621ad14e13af3571f009874019.png

看看样本的来源分布，感觉混的不错把

看下每个簇的特异性基因

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人工看看

0：高表达Fabp7应该是satellite glial cells
1：确实表达Tubb3是神经元，不知道AI描述是否正确，需要根据项目背景确认
2：高表达Mbp，Mpz 应该是myelinating Schwann cells
3：高表达P2rx3 和 Scn10a 是感觉神经元中电信号传递的重要通道基因。像是感觉神经元（Sensory Neurons）需要项目背景确认
4：高表达Scn7a 是non-myelinating Schwann cells
5：高表达DCN，虽然可以定义为成纤维细胞，但是我认为也高表达Foxd1, Bmp3, Meox2, Stra6 等典型间充质相关基因，所以可定义为成纤维细胞或间充质细胞
6：高表达Flt1这个应该三内皮细胞
7：高表达Gfap，是Astrocyte无疑
8：高表达Vtn, Lamc3, Arhgap6 是血管周细胞（Pericytes）把
9：高表达Mbp，Mpz 应该是myelinating Schwann cells
10：高表达Ptprc和Cd74 、C1qa是免疫细胞
11：高表达DCN这个我确定是成纤维细胞
12：高表达Trpm8经典的冷觉和薄荷感受器基因，高表达于三叉神经节中的感觉神经元。Kcnh7, Kcnc2钾离子通道基因，与神经元的动作电位传导和信号调控相关。第12簇很可能是冷觉神经元，不知道对不对啊，专业的人员帮我看看
13：Grik1 (Glutamate Ionotropic Receptor, Kainate Type Subunit 1)：谷氨酸受体基因，是兴奋性神经元的经典标志。Slc17a8 (Solute Carrier Family 17 Member 8)：
参与兴奋性神经递质（谷氨酸）的运输，是兴奋性神经元的重要标志基因。应该是兴奋性神经元（Excitatory Neurons）。Grik1, Slc17a8 是经典的兴奋性神经元标志基因，与谷氨酸信号传递密切相关。Cdh9, Kirrel3 表明该簇与神经元突触连接的形成有关。
14：高表达Mog应该是少突胶质细胞样细胞
15：Il31ra 的高表达是瘙痒神经元的典型特征。其他基因如 Cysltr2 和 Trpv1，进一步支持该簇与感觉刺激（瘙痒或疼痛）感知相关，Trpv1 和 P2rx2 是经典的痛觉和热觉感知标志基因，表明第15簇可能感知多种刺激，包括热觉、疼痛和化学刺激。具体是瘙痒感受神经元（Pruriceptors）还是多功能感觉神经元我就不知道了，看那位好心人给我普及下把。
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这个是15簇的辅助判断下感觉神经元相关基因的情况，与我上述一直就是3簇，12簇，以及15簇

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中午吃饭又看了有缘人的数据，简单沟通，我理解了意图，所以我把神经元不再细分在第一次分细胞，简简单单画个细胞类型把

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看下marker基因的分布证明下我的结果

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好像不是很直观啊，dotplot 看看呢，我们看分簇图和气泡图对比下，感觉很nice啊

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本节最后看看不同类型的组成的多少啊

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################################第二更神经细胞########################################
我分的还是不错的，个人感觉scanpy加上GPU的SCVI 一般harmony的数据差的话可以看看，对华大的C4早期数据可能会有不错的效果

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看下各个簇的marker基因

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人工观察下

0：不知道是啥
1：不知道是啥
2：Ano1、Scn1a 和 Ntrk3 是神经元的典型标记，特别是与感觉信号传递相关的基因。这些基因暗示该簇可能是感觉神经元（Sensory Neurons）。
3：‘Tac1’,‘Calca’,‘Trpv1’ 高表达应该是含肽型痛觉感受神经元（Peptidergic Nociceptors, PEP）
4：P2rx3’,'Trpc3’高表达机械觉或痛觉感受神经元（Mechanosensory or Nociceptive Neurons）
5：高表达Trpm8经典的冷觉和薄荷感受器基因，高表达于三叉神经节中的感觉神经元。Kcnh7, Kcnc2钾离子通道基因，与神经元的动作电位传导和信号调控相关是冷觉神经元（Cold-Sensitive Neurons）
6：不知道是啥
7：高表达 ‘Slc17a8’,'Piezo2’应该是CLTMRs
8：‘Il31ra’,'Sst’是Pruriceptive Sensory Neurons瘙痒感受神经元（Pruriceptors）
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