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RSS订阅原创 TCGA数据下载及矩阵整理
首先我们进入TCGA数据库TCGA官网首先看一下文件类型，悬着数据处理方式及工作流程看一下例子里面各种类型，有组织是什么，癌症项目。点击进入购物车下载所有文件点击cart所有压缩文件合并到一个文件内###将所有压缩包移到一个名为files的文件里面use strict;use warnings;use File::Copy;my $newDir="files";un...
2019-12-24 16:43:36
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原创 TCGAbiolinks 下载临床数据
自己安装这个R包TCGAbiolinks点进去安装，下面直接代码library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)library("clusterProfiler")getGDCprojects()$project_id #获取TCGA中最新的不同癌种的项目号TCGAbiolinks...
2019-12-17 16:55:53
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原创 XENA GTEx整理
首先我们看一下简介TCGAbiolinks: An R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data最近新加一个 Mounir，Mohamed，Lucchetta，Marta，Silva，CT，Olsen，Catharina，Bontempi，Gianluca，Chen，XI，Noushmehr，Houtan，Colap...
2019-12-11 11:52:06
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原创 获取gtf文件gene symbol ENSID gene_biotype
首先下载gtf文件，这里我们引用的是Ensembl的文件enensembl gtf文件下载这里面我们下载完文件后我们如何查看这个文件信息呢，首先我们用UEStudio 打开后我们看一下文件的数据结构可以看到里面的我们想要的有gene_ID 和基因的名字 以及这个基因的biotype，我们明确想要提取的对象后导入我们的R中进行提取。library(refGenome)ens <-...
2019-12-10 18:10:13
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转载 TCGA临床数据整理
TCGA临床数据的整理是一个基本的操作 我们选择临床数据在Data category 中选择clinical 最重要的在Data format 中一定要选择XML的]格式选择自己研究的TCGA肿瘤类型，添加到cart里面下载数据点击download 下载 cart的内容 保存你们自己喜欢的位置。下面一步是个小技巧 ，使用Windows 的小伙伴在右侧工具栏搜索XML格式 会把每个文件夹...
2019-12-10 14:49:30
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空空如也
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