EpiNano

牛津纳米孔直接RNA测序读取的RNA修饰检测

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更新

EpiNano 1.2 - 当前版本

• 包括基于Guppy v3.1.5调用的序列派生的预训练m6A模型。
• 预训练模型也可用于检测其他RNA修饰（已测试伪尿嘧啶，其他修饰：未测试）。
• 此版本的EpiNano允许使用两种不同的策略进行预测：EpiNano-Error和EpiNano-SVM。
• 此版本现在包括用于可视化RNA修饰预测的模块（EpiNano_Plot*）。

EpiNano-Error只能在成对模式下运行（例如WT和KO或KD）。它结合了在给定数据集中出现的不同类型的基础呼叫错误（不匹配、删除、插入）以及每个基础呼叫质量的变化。RNA修饰预测基于两个匹配样本中观察到的错误模式的差异。这种策略可以使用任何给定基础呼叫算法版本调用的FASTQ数据。

EpiNano-SVM可以使用给定RNA修饰的预训练模型运行，或者通过构建您自己的模型。但是，我们应该注意，由于直接RNA测序读取的嘈杂性质，它们是富含“错误”的，因此仍然强烈推荐使用匹配的对照（例如KO或KD）。此外，在EpiNano 1.2中，除了使用“原始”基础呼叫“错误”特征训练的SVM模型（与EpiNano 1.0和1.1中相同），我们现在还提供使用捕获样本之间差异的特征训练的SVM模型（即不匹配的差异，而不是绝对不匹配频率），我们发现这提高了性能。

EpiNano 1.1 - 1.0版本的精简版，用python3编写，可在此处获得。

• 这个版本是当前在MasterOfPores中实现的，MasterOfPores是一个分析直接RNA测序数据的工作流程。
• 与EpiNano 1.0的主要区别是（i）它更快（ii）使用python3而不是python2（iii）不提取特征表中的当前强度，因为此功能未用于训练最终模型。

包括使用Albacore版本2.1.7调用的基础m6A模型。

既可以使用Guppy也可以使用Albacore调用的数据，但SVM预测只有在您的数据使用Albacore 2.1.7调用时才会准确。

无论使用哪种基础呼叫器，EpiNano都可以用作工具包，提取每个k-mer基础呼叫“错误”（不匹配、插入、删除、质量），这些是给定数据集中存在的RNA修饰的代理。我们建议以成对模式运行EpiNano，即计算两个数据集（WT-KO）的特征，然后准确预测RNA修饰位点（即在基础呼叫“错误”特征中显示最大差异的那些）。

EpiNano 1.0 - Liu, Begik等人在2019年自然通讯中使用的原始代码，可在此处获得。

包括使用Albacore版本2.1.7调用的基础m6A模型。

它提取了基础呼叫“错误”（不匹配、插入、选择、每个基础质量）以及电流强度值。

当前强度信息从Albacore调用的FAST5文件中提取。

没有使用Guppy调用数据集训练的模型。

关于EpiNano

EpiNano 是一个用于识别直接RNA测序读取中存在的RNA修饰的工具。

EpiNano 将从直接RNA测序读取中提取一组“特征”，这些特征随后将用于预测“错误”是否由RNA修饰的存在引起。直接提取和派生的特征包括：

• 当前强度和持续时间
• 读取质量
• 基础质量分数
• 不匹配频率
• 删除频率
• 插入频率
• sumErr

这些特征可以以每个基础和每个kmer格式组织。

EpiNano的运行模式

在EpiNano 1.2中，我们引入了delta特征，这些特征捕获修饰和未修饰位点之间的差异，以及sum_err，这是通过结合不同类型的错