DeepEdit

DeepEdit

RNA编辑是在多种生命形式中发现的一个普遍且关键的转录后事件。Nanopore测序器记录的电信号容易受到碱基修饰的影响。我们提出了DeepEdit，一个用于使用Nanopore直接RNA测序进行单分子检测和A-to-I RNA编辑相位分析的神经网络模型。

开始

我们在DeepEdit/Getting_Started文件夹中提供了脚本和所需文件。你可以按照以下步骤运行DeepEdit：

1. 基础调用与映射
   必需软件：guppy, minimap2（版本2.10-r761）
   文件：.fast5 Nanopore读取数据

   基础调用

   guppy_basecaller -i DeepEdit/Getting_Started/nanopore_reads/ -s DeepEdit/Getting_Started/nanopore_reads/ --flowcell FLO-MIN106 --kit SQK-RNA001 --cpu_threads_per_caller 1 --qscore_filtering --fast5_out
   

   映射

   minimap2 -t 16 -ax map-ont -p 1.0 --secondary=no -u f -a DeepEdit/Getting_Started/GCF_000002945.1_ASM294v2_rna.fna DeepEdit/Getting_Started/nanopore.fastq > nanopore.sam
   

   注释：
   .fast5文件通常已经由测序公司使用guppy进行了基础调用。<