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Tim_Liu的博客

生物信息学

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原创 ELIGOS2

Oxford Nanopore Technology (ONT) 提供的测序平台允许我们在无需扩增的情况下对 DNA 和 RNA 进行本征测序。因此,任何存在于本征序列上的修饰都被保留下来,从而记录了离子信号。信号的变化,与标准碱基呼叫模型不同,导致碱基呼叫器错误地将这些变化解释为测序错误。我们利用这些错误来识别 RNA 转录本或 DNA 序列上修饰的位置。ELIGOS 是为了从特定碱基上的错误 (ESB) 差异中识别本征 RNA 序列上的修饰位置而开发的。

2024-04-23 23:38:27 798

原创 Direct RNA and cDNA Sequencing of a human transcriptome on Oxford Nanopore MinION and GridION

Direct RNA and cDNA Sequencing of a human transcriptome on Oxford Nanopore MinION and GridION

2024-03-30 18:13:01 754 1

原创 Guppy Basecalling

Guppy Basecalling

2024-03-18 11:34:56 803

原创 Dorado-ont

dorado

2024-03-17 01:18:25 976 1

原创 葡萄糖代谢通路

一个蛋白质有无限的作用

2024-03-14 16:20:29 286

原创 给定的字符串查找指定字母

你可以将这个值改为任何你想要查找的字母

2024-03-14 16:18:34 802 1

原创 g:profiler的GO&KEGG富集分析

生物信息学

2024-01-09 15:09:57 418

g:profiler富集分析

g:Profiler is a public web server for characterising and manipulating gene lists. g:Profiler has a simple user-friendly web interface with powerful visualisations and is currently available for 400+ species, including mammals, plants, fungi, insects from Ensembl and Ensembl Genomes. g:Profiler is updated approximately in every three months and follows quarterly releases of Ensembl databases.

2024-01-09

克鲁斯卡尔-沃利斯检验 (Kruskal-Wallis test)代码

 克鲁斯卡尔-沃利斯检验 (Kruskal-Wallis test)亦称“K-W检验”、“H检验”等。 用以检验两个以上样本是否来自 同一个概率分布的一种非参数方法。 被检验的几个样本必须是独立的或不相关的。 与此检验对等的参数检验是单因素方差分析,但与之不同的是,K-W检验不假设样本来自正态分布。与参数检验相比,非参数检验具有检验条件宽松、对样本数据要求较低、计算相对简单的优点。SPSS提供的非参数检验方法较多,包括二项检验、卡方检验、两独立样本检验、两配对样本检验、多独立样本检验、多配对样本检验、游程检验和单样本K-S检验等八种检验方法。   Kruskal-Wallis秩和检验属于多个独立样本的非参数检验,用于在总体分布未知的情况下检验多个样本是否来自于相同分布的总体。Kruskal-Wallis H检验是Mann-Whitney U检验法的扩展,是一种推广的评价值检验。其基本思路是,首先对所有样本合并并且按照升序排列得出每个数据的秩,然后对各组样本求平均秩。如果平均秩相差很大,则认为两组样本所属的总体有显著差异。

2024-01-09

空空如也

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