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RSS订阅原创 Uncalled4
Uncalled4 是一个用于纳米孔信号对齐、分析和可视化的工具包。它执行准确的基序引导纳米孔信号对齐，类似于 nanopolish eventalign 或 tombo resquiggle，将纳米孔信号段映射到参考核苷酸上。它还支持将任何信号对齐转换为高效的 BAM 格式，允许进行交互式可视化、修改检测和其他信号分析。
2024-08-26 13:36:09
854
原创 tombo resquiggle
必须在修改基底检测或其他Tombo命令之前，在一组读取上运行命令。必须提供包含FAST5读取文件和基因组/转录组参考的目录。参考序列可能是之前已知的，或者是从这个样本中发现的。重要的是，参考序列被假定为正确，因此通过抛光创建个性化参考可能会改善性能，特别是对于分歧样本或组装不良的参考。原始读取FAST5文件必须包含基底呼叫。使用命令从FASTQs集合中添加基底呼叫到原始读取文件。读取文件不需要包含Events数据（由albacore的fast5模式输出）。
2024-08-13 14:51:12
894
原创 MiMB_JACUSA2
我们提供了一个使用纳米孔直接 RNA-seq 检测 RNA 修饰的 Snakemake 管道，适用于多种条件和重复样本。
2024-07-25 17:16:40
836
原创 DeepEdit
RNA编辑是在多种生命形式中发现的一个普遍且关键的转录后事件。Nanopore测序器记录的电信号容易受到碱基修饰的影响。我们提出了DeepEdit，一个用于使用Nanopore直接RNA测序进行单分子检测和A-to-I RNA编辑相位分析的神经网络模型。我们在文件夹中提供了脚本和所需文件。必需软件：guppy, minimap2（版本2.10-r761）.fast5Nanopore读取数据。
2024-07-24 17:43:42
548
原创 DInoPORE
DInoPORE 是一种从直接 RNA 测序数据中检测腺嘌呤到次黄嘌呤 (A-to-I) 编辑位点的计算方法。识别的编辑位点还将估计其编辑率。下面列出了使用的计算环境和软件。使用文档可以在此 readme 的最后一节中找到。
2024-07-24 16:36:49
1045
原创 DENA (Deeplearning Explore Nanopore m6A)
这些说明将帮助你在本地机器上获取项目的副本，并用于开发和测试目的。有关在实时系统中部署项目的说明，请查看部署。
2024-07-17 15:41:39
637
原创 IL-AD
我们利用机器学习方法改进纳米孔测序的碱基识别器，以检测核苷酸修饰。首先，我们应用增量学习技术来提高富含修饰序列的碱基识别，这些序列通常具有很高的生物学兴趣。在确定了序列骨架后，我们进一步对单个核苷酸进行异常检测，以确定它们的修饰状态。通过这种方式，我们的流程承诺实现单分子、单核苷酸和序列上下文无关的修饰检测。
2024-07-12 13:03:58
818
原创 EpiNano
此外，在EpiNano 1.2中，除了使用“原始”基础呼叫“错误”特征训练的SVM模型（与EpiNano 1.0和1.1中相同），我们现在还提供使用捕获样本之间差异的特征训练的SVM模型（即不匹配的差异，而不是绝对不匹配频率），我们发现这提高了性能。每个版本中都包含了预测m6A位点的预训练模型。您可以使用EpiNano作为特征提取器，基于基础呼叫特征的变化预测RNA修饰（即，此处使用的EpiNano-Error），以及使用预训练的SVM检测m6A RNA修饰（即，此处使用的EpiNano-SVM）。
2024-07-11 14:35:29
835
原创 NanoMUD
NanoMUD 是一个基于深度学习框架，用于检测纳米孔直接 RNA 测序数据中的尿苷修饰（例如假尿苷和 N1-甲基假尿苷）。它提供了具有单分子分辨率的准确修饰检测（Ψ模型：最小 AUC = 0.86，最大 AUC = 0.99；m1Ψ模型：最小 AUC = 0.87，最大 AUC = 0.99），并在不同序列背景下提供无偏的位点水平化学计量估算。NanoMUD 将成为促进改良治疗 IVT RNAs 研究的强大工具，并为体内转录 RNA 物种上的假尿苷和 N1-假尿苷的分布和化学计量提供有用的见解。
2024-07-07 22:01:14
333
原创 NanoSPA
此协议用于纳米孔直接RNA测序数据中同时预测 N6-甲基腺苷（m6A）和伪尿嘧啶（psU，Ψ）位点。没有最小输入读数要求，但建议对于人类转录组，输入原始数据集>1M读数进行以下处理。对于更大的转录组，建议使用更多的读数。此协议已在 Linux 系统集群（“midway2”，Scientific Linux 7.2）上进行了测试。
2024-07-06 17:28:13
827
原创 DRUMMER
运行完成后，DRUMMER在每个比较目录中生成一个单独的制表符分隔文本文件（summary.txt），包含所有预测的候选RNA修饰位点及其上下文信息（基因组位置、同种型位置、序列基序等）。当以m6A模式（-a TRUE）运行时，还会在附带的.pdf文件（m6A_plot.pdf）中生成一个分布图。外显子模式（-a exome）使用DRS读取对准到给定生物体的基因组以识别可能被修饰的碱基，而同种型模式（-a isoform）使用DRS读取对准到给定生物体的转录组以提供高分辨率映射。这将在以后的版本中修复。
2024-07-02 15:23:50
623
原创 Minimap2用户手册
Minimap2是一个快速的序列映射和比对程序，能够找到长噪声读段之间的重叠，或者将长读段或它们的组装映射到参考基因组上，并且可以选择性地进行详细比对（即CIGAR）。目前，它能够高效地处理从几千碱基到约100兆碱基长度的查询序列，错误率约为15%。Minimap2以PAF或SAM格式输出。
2024-06-27 16:30:00
1067
原创 Nanopore_psU
本协议用于纳米孔RNA直接测序数据中假尿苷（psU，Ψ）位点的预测。没有最小输入读取要求，但推荐对于人类转录组的后续处理使用>1M读取量的原始数据集。对于更大的转录组，推荐使用更多的读取。本协议已在Linux系统集群（“midway2”，Scientific Linux 7.2）上进行了测试。
2024-06-11 18:04:25
636
原创 ELIGOS2
Oxford Nanopore Technology (ONT) 提供的测序平台允许我们在无需扩增的情况下对 DNA 和 RNA 进行本征测序。因此，任何存在于本征序列上的修饰都被保留下来，从而记录了离子信号。信号的变化，与标准碱基呼叫模型不同，导致碱基呼叫器错误地将这些变化解释为测序错误。我们利用这些错误来识别 RNA 转录本或 DNA 序列上修饰的位置。ELIGOS 是为了从特定碱基上的错误 (ESB) 差异中识别本征 RNA 序列上的修饰位置而开发的。
2024-04-23 23:38:27
850
原创 Direct RNA and cDNA Sequencing of a human transcriptome on Oxford Nanopore MinION and GridION
Direct RNA and cDNA Sequencing of a human transcriptome on Oxford Nanopore MinION and GridION
2024-03-30 18:13:01
815
1
g:profiler富集分析
2024-01-09
克鲁斯卡尔-沃利斯检验 (Kruskal-Wallis test)代码
2024-01-09
空空如也
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