NanoSPA

描述

此协议用于纳米孔直接RNA测序数据中同时预测 N6-甲基腺苷（m6A）和伪尿嘧啶（psU，Ψ）位点。没有最小输入读数要求，但建议对于人类转录组，输入原始数据集>1M读数进行以下处理。对于更大的转录组，建议使用更多的读数。

此协议已在 Linux 系统集群（“midway2”，Scientific Linux 7.2）上进行了测试。

软件包版本

软件和包的版本如下：

名称	版本
Python3	3.10.10
guppy_basecaller	3.2.2+9fe0a78 © Oxford Nanopore Technologies, Limited
minimap2	2.18-r1015
numpy	1.24.3
pandas	1.5.2
samtools	1.11 © 2020 Genome Research Ltd.
scikit-learn	1.2.0
tensorflow	2.11.1

下载

您可以通过以下命令将软件包下载到您的集群：

git clone https://github.com/sihaohuanguc/NanoSPA.git

然后转到包含 setup.py 文件的文件夹，并运行：

pip3 install .

现在您已经安装了软件包。您可以在账户的任何地方使用它。如果您对任何命令不清楚，可以通过以下命令找到帮助：

nanospa -h

协议

1. 基础呼叫
   您可以在测序期间进行基础呼叫。如果是这样，此步骤不是必需的，请直接进行下一步。如果数据未进行基础呼叫，请使用以下命令进行基础呼叫。

   guppy_basecaller --input_path fast5 \