文件转化
- 桌面上建立一个Work文件夹
- 从Protein Data Bank 中下载胰岛素(4ins)的PDB文件,并将其保存在“Work”文件夹中
3.将文件输入格式设置为PDB,将文件名设置未下载的PDB文件
4. 将工作文件夹中输出文件格式设置为MOL,并将输出文件名设置为file:4ins.mol。
- 点击CONVERT即可完成转换
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无文件格式的转换
**除了使用输入和输出文件外,还可以将化学文件格式的内容粘贴到输入框中,并在输出框中查看转换结果
以SMILES格式为例(以及SMILES格式如何处理立体化学结构)
- 输入文件格式选择SMILES
- 勾选以下输入框(忽略输入文件)
- 将以下SMILES字符串(和分子标题)复制并粘贴到输入框中:
I/C=C/F I and F are trans
I/C=C\F I and F are cis
I[C@](Br)(Cl)F Anticlockwise from Iodine
I[C@@](Br)(Cl)F Clockwise from Iodine
- 输出文件格式选择SMILES
- 勾选以下选择框,再点击CONVERT
在最终的描绘中,请注意,Open Babel仅为手性中心设置了一个立体键。 这并不是模棱两可的-这意味着立体键位于平面的上方或下方,其余三个键位于平面的相对位置。