使用python进行dicom序列转nii

一、第一步安装环境

pip install dicom2nifti

二、第二步写代码

现在我有一个文件夹里面都是dicom序列需要转换

import dicom2nifti



if __name__ == '__main__':
    dicom_path = "HKMTEVPH/3EIKEE1O"
    dicom2nifti.convert_directory(dicom_path,'./')


结果就会保存在当前目录下:

解压之后,使用itk-snap软件打开:

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### 回答1: Python可以使用pydicom和nibabel库来批量处理DICOM文件并将其换为NIfTI格式。具体步骤如下: 1. 使用pydicom库读取DICOM文件的元数据信息,包括像素数据、图像尺寸、像素间距等。 2. 使用nibabel库创建一个NIfTI文件对象,并将DICOM文件的元数据信息赋值给NIfTI对象。 3. 将DICOM文件的像素数据换为NIfTI文件的像素数据,并将其保存为NIfTI格式的文件。 4. 重复以上步骤,批量处理所有DICOM文件。 需要注意的是,DICOM文件的像素数据可能会被压缩,需要使用pydicom库中的解压函数进行解压。此外,DICOM文件的元数据信息可能会包含一些私有标签,需要根据具体情况进行处理。 ### 回答2: dicom是医学图像的文件格式,通常用于医学图像的存储和传输,在医学影像学领域具有广泛的应用。而nii是另一种医学图像的格式,它是NIfTI-1格式的文件,可以将三维医学图像数据存储成单个的nii文件,易于处理和分析。如果需要进一步处理或分析医学图像数据,就需要将dicom换为nii格式,可以使用Python批量处理dicomnii。 首先,需要安装Python的医学图像处理库pydicom和nibabel,这两个库可以对dicom文件和nii文件进行读写操作。接下来,需要编写Python代码来实现批量处理dicomnii。首先,需要定义函数来完成对单幅医学图像的读入和换,换过程中需要进行一系列图像坐标和数据类型的处理,最后将换后的nii文件保存到指定文件夹中。然后,需要编写循环结构来批量读取指定文件夹中的dicom文件,逐个进行换并保存结果,最终得到换后的nii文件。 例如,下面是一份简单的Python代码示例: ```python import os import glob import numpy as np import pydicom import nibabel as nib def dicom2nii(dicom_file): # 读入dicom文件 dcm_data = pydicom.dcmread(dicom_file) # 获取图像数据和元数据 img_data = np.array(dcm_data.pixel_array, dtype=np.float64) img_affine = np.eye(4) img_affine[0][0] = dcm_data.PixelSpacing[0] img_affine[1][1] = dcm_data.PixelSpacing[1] img_affine[0][3] = dcm_data.ImagePositionPatient[0] img_affine[1][3] = dcm_data.ImagePositionPatient[1] img_affine[2][3] = dcm_data.ImagePositionPatient[2] # 将图像换为nii文件 img_nii = nib.Nifti1Image(img_data, img_affine, None) return img_nii # 指定dicom文件路径和nii文件保存路径 dicom_path = "/path/to/dicom/folder/" nii_path = "/path/to/nii/folder/" # 批量处理dicomnii dicom_files = glob.glob(os.path.join(dicom_path, "*.dcm")) for dicom_file in dicom_files: nii_file = os.path.join(nii_path, os.path.basename(dicom_file).replace(".dcm", ".nii")) img_nii = dicom2nii(dicom_file) nib.save(img_nii, nii_file) ``` 以上代码是一个简单的示例,实际应用中还需要根据不同数据集的特点进行优化和改进,以确保换后的nii文件与原始dicom图像能达到相同的质量和准确度。总之,Python批量处理dicomnii可以帮助医学影像领域的研究人员更加高效地处理医学图像数据,减少人工误差和工作量,提高研究效率。 ### 回答3: DICOM和NIfTI是医学图像处理中比较常用的两种格式,其中DICOM格式是医学影像存储的标准,而NIfTI格式则是MRI扫描图像的标准格式。 Python是一种十分强大的编程语言,通过使用Python语言,我们可以采用一些开源的医学图像处理的包来进行DICOMNIfTI的批量处理。 下面是一个DICOMNIfTI的Python代码示例: 首先是导入必要的库和定义文件目录的路径: ```python import dicom2nifti import os input_folder = 'D:/dicom_data' output_folder = 'D:/nifti_data' ``` 接着,我们先使用os库获取DICOM文件夹中所有的文件路径,并进行循环操作,对每个DICOM文件进行换: ```python for dicom_file in os.listdir(input_folder): # 获取每个DICOM文件的完整路径 dicom_file_path = os.path.join(input_folder, dicom_file) # 将DICOM文件换成NIfTI格式 dicom2nifti.convert_single_file(dicom_file_path, os.path.join(output_folder, dicom_file + '.nii')) ``` 最后,我们可以通过遍历输出文件夹来检查换后的NIfTI文件是否正确输出: ```python for nifti_file in os.listdir(output_folder): nifti_file_path = os.path.join(output_folder, nifti_file) if os.path.isfile(nifti_file_path): print('Converted: ', nifti_file_path) ``` 总的来说,Python批量处理DICOMNIfTI可以使用开源的dicom2nifti库来实现,同时可以使用os库进行文件操作和路径处理,以便进行批量操作。以上代码只是一个简单的示例,可以根据具体需求进行一定的修改和完善。

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