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按类别来分吧:
搜索引擎相关:Lucene、Solr、Sphinx、Hibernate Search等。
数据挖掘相关:主要包括Weka、R-Project、Knime、RapidMiner、Orange 等。
文本挖掘相关:主要包括OpenNLP、LingPipe、FreeLing、GATE 、Carrot2 等,具体可以参考LingPipe’s Competition。
推荐引擎相关:主要包括Apache Mahout、Duine framework、Singular Value Decomposition (SVD) ,其他包可以参考Open Source Collaborative Filtering Written in Java。
本人最近在看Apache Mahout下面的taste,看源码充电中,资料比较少,欢迎交流!