R语言xcms处理质谱数据

R语言xcms用法
library(xcms)
#检测文件
cdffiles<-list.files(“D:/mz+”,recursive=TRUE,full.names=TRUE)
#峰检测
xset<-xcmsSet(cdffiles)
#样品峰分组（相同质荷比、保留时间的分一组意思就是同一物质分一组对应不同强度峰面积）
xset <- group(xset)
#各组样品保留时间对齐
xset2<-retcor(xset,family=“symmetric”,plottype=“mdevden”)
#分组
xsg <- group(xset2)
#填充缺失峰
xsg <- fillPeaks(xsg)
#按样品分组
dat <- groupval(xsg,method = “medret”, value = “into”, intensity = “into”)
#导出峰
mypeaks=peaks(xsg)
write.csv(dat,file=‘mz.csv’)