Linux安装R语言及其生物数据分析包

安装R

这里使用的R是R3.6.3，后面安装的R函数包的版本要求是R3.4及以上。

软件包获取
进入R官网https://cran.r-project.org/src/base/R-3/

解压缩

tar -zxvf R-3.6.3.tar.gz 

尝试安装

cd R-3.6.3
./configure --prefix=/usr/local/R3_6_3

可以看到缺少软件，没有检测到bzip2。
R所缺少的依赖有pcre，curl，bzip2。
接下来我们依次安装。

处理依赖

bzip2
https://sourceforge.net/projects/bzip2/

tar -zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make
make install

可以看到软件安装可以指定目录，但是我们使用默认安装目录，方便之后R检测。
pcre

这里需要注意R依赖pcre的版本必须高于8.20.
我们这里使用的是pcre8.42
https://ftp.pcre.org/pub/pcre/

tar -zxvf pcre-8.42.tar.gz
cd pcre-8.42
./configure
make
make install

同样不指定安装目录

libcurl

这里要求curl版本高于7.22.0
https://curl.se/download.html

tar -zxvf curl-7.75.0.tar.gz 
cd curl-7.75.0.tar.gz
./configure
make
make install

再次安装R

cd R-3.6.3
./configure --prefix=/usr/local/R3_6_3
make&&make install

试运行R

运行成功
R安装结束

安装生物数据分析包

这里预计安装四个生物分析包：edgeR，DESeq，DESeq2，DREAMSeq
这写函数包的依赖非常复杂，手动安装基本是不可能的，所以我们选择Bioconductor提供的下载工具安装，自动解决依赖
安装BioManager
运行R

/usr/local/R3_6_3/bin/R

在编译器中输入安装命令

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

可以选择14-22中任意一个，如果下载缓慢就换一个镜像。

查看已安装函数包

library()

切换BiocManager镜像点
BiocManager官方镜像下载速度很慢且容易连接超时
我们可以切换到中科大的镜像，非常的快

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

如果中科大的也失败可以尝试清华大学的

options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

然后就可以快乐的自动安装了
edgeR

BiocManager::install("edgeR")

全部更新

library()

DESeq

BiocManager::install("DESeq")

library()

ok

DESeq2

BiocManager::install("DESeq2")

这个时候就出现了问题DESeq2依赖一个函数包stringi
但这个函数包非常离谱他会网络下载一个压缩文件，这个文件国内是下不下来的

所以我们需要自己安装stringi
首先Ctrl+z强制退出R

然后去/usr/local/R3_6_3/lib64/R/library下把00LOCK-stringi删除掉，这个是安装stringi产生的临时文件，如果不删除会导致之后安装都出错。

rm -rf /usr/local/R3_6_3/lib64/R/library/00LOCK-stringi/

首先下载stringi
https://cran.r-project.org/src/contrib/stringi_1.5.3.tar.gz

然后下载需要的安装源文件icudt61l.zip
有两个下载源，建议两个一起下载。
http://www.gagolewski.com/software/stringi/icudt61l.zip
http://www.ibspan.waw.pl/~gagolews/stringi/icudt61l.zip
这个文件下载非常困难，可以尝试使用网络工具。

mkdir R_library
cp icudt61l.zip R_library/

新建一个文件夹专门放置源文件，之后安装会指定这个目录（目录里不要有其他东西）

/usr/local/R3_6_3/bin/R CMD INSTALL --configure-vars='ICUDT_DIR=/root/R_library' stringi_1.5.3.tar.gz

/usr/local/R3_6_3/bin/R：是R语言程序的路径，如果提前设置了PATH可以用R代替
ICUDT_DIR：是放置源文件的目录

再次尝试安装DESeq2

/usr/local/R3_6_3/bin/R
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
BiocManager::install("DESeq2")

别忘了切换镜像

可以看到最终并没有下载成功因为有四个依赖安装失败了，我们去查看日志

最终原因是缺少jpeglib.h和png.h两个头文件
这两个头文件存在与libjpeg-devel，libpng-devel两个linux软件中
我们使用yum将他们下载下来

yum install libjpeg-devel
yum install libpng-devel

/usr/local/R3_6_3/bin/R
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
BiocManager::install("DESeq2")

ok

DREAMseq

unzip DREAMSeq_1.0.4.zip
cd DREAMSeq_1.0.4
unzip DREAMSeq_1.0.4.zip
cp -rf DREAMSeq /usr/local/R3_6_3/lib64/R/library/
/usr/local/R3_6_3/bin/R

将压缩包解压缩后进入文件夹进一步解压缩，复制文件夹到R语言library下
进入R

library(DREAMSeq)

解决依赖，安装pbapply

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
BiocManager::install("pbapply")
library(DREAMSeq)
library()

安装成功。