2016年09月_SicongFu

09月 06月 05月

转载 fastqc的使用

A quality control tool for high throughput sequence data.高通量测序数据的质量检测工具。fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN-o用来指定输出文件的所在目

2016-09-27 15:07:20 15588

原创 cuffmerge的使用

cuffmerge -o cuffmerge_output -p 30 assembly_GTF_list.txtassembly_GTF_list.txt这个文件里面是gtf文件的绝对路径。我有两个gtf文件，就把它们两个的绝对路径分别写在了第一行和第二行。然后就能运行了。使用vim写入。

2016-09-26 13:01:57 4606

原创 Red Hat把命令提示符的路径变成绝对路径

Linux把命令提示符的路径变成绝对路径

2016-09-26 11:52:16 824 1

原创如何从NCBI下载SRA数据

1.找到需要的sra数据，找到对应的sample Accession，或者叫做：Experiment Accession。2.打开NCBI，然后搜索：3.点击：，如下图所示：4：，右击鼠标，选择“复制下载链接”。进入Putty下载。5.wget ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-

2016-09-24 09:58:25 17620

原创【题目】2016年全国研究生数学建模竞赛B题具有遗传性疾病和性状的遗传位点分析

2016年全国研究生数学建模竞赛B题

2016-09-18 10:48:41 8503 1

转载 tophat以及cufflinks的使用

使用su进入root，否则权限不够，出错。。。。——————————————————————————————————————————————————————————————————[root@ld-shux test_DATA]# bowtie2-build Trinity.fasta genome结果：-rw-r--r--. 1 root root 4313663 9月 1

2016-09-13 09:32:50 6922 1

原创 bowtie2安装

bowtie2安装

2016-09-13 09:26:03 10421 1

空空如也

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