fastqc的使用

A quality control tool for high throughput sequence data.高通量测序数据的质量检测工具。

fastqc [-o output dir] [--(no)extract] [-f fastq|bam|sam] [-c contaminant file] seqfile1 .. seqfileN

-o用来指定输出文件的所在目录，注意是不能自动新建目录的。输出的结果是.zip文件，默认自动解压缩，命令里加上--noextract则不解压缩。-f用来强制指定输入文件格式，默认会自动检测。-c用来指定一个contaminant文件，fastqc会把overrepresented sequences往这个
contaminant文件里搜索。contaminant文件的格式是"Name\tSequences"，#开头的行是注释。加上 -q 会进入沉默模式，即不出现下面的提示：
Started analysis of target.fq
Approx 5% complete for target.fq
Approx 10% complete for target.fq

如果输入的fastq文件名是target.fq，fastqc的输出的压缩文件将是target.fq_fastqc.zip。解压后，查看html格式的结果报告

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我的运行：

$ fastqc 1.fa 2.fa

运行结束之后，用winSCP将文件夹传输到windows上面查看网页。

一般主要的是这个图片，如果集中在绿色部分说明质量比较高，可以使用这个转录组数据。

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下面的图明显质量更高！

A quality control tool for high throughput sequence data.