bowtie2安装

最新推荐文章于 2024-03-10 23:56:22 发布
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$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip?r=https%3A%2F%2Fsourceforge.net%2Fprojects%2Fbowtie-bio%2Ffiles%2Fbowtie2%2F2.2.9%2F&ts=1473729431&use_mirror=nchc


$ unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip


$ cd bowtie2-2.2.9


$ echo 'PATH=$PATH:/home/shuxue/soft/bowtie2-2.2.9/' >> ~/.bashrc


 $ source ~/.bashrc

SicongFu
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Bowtie2的安装与使用
weixin_30606461的博客
11-09 3916
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的reads（less than 1024 base) 与 较大的参考（基因组） 时效果更好，也更快。 许多其他的软件经常会调用Bowtie ...
conda安装bowtie2的报错:undefined symbol
xuzhougeng blog
03-23 4521
使用conda安装bowtie2遇到undefined symbol报错 /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: symbol lookup error: /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s/public/ho...
Bowtie2安装与使用-bowtie2-2.5.2（bioinfomatics tools-011）
weixin_44874487的博客
03-10 3301
随着测序速率的增加，对读取比对器的吞吐量要求越来越高。全文分钟索引（full-text minute index）通常用于实现非常快速和内存高效的比对，但这种方法不适合查找较长的、有间隙的比对。Bowtie 2 结合了全文分钟索引的优势和硬件加速的动态规划算法的灵活性与速度，实现了高速度、高灵敏度和高准确性的结合。
linux下bowtie2安装
Gentlezzx的博客
11-29 5791
先把菠菜软件的压缩包下载下来： wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download 想要其它版本也可以去官网看一下：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 然后解压： unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip 接下来设置环境变量： vim ~
conda安装
zjq1322400760的博客
03-14 1760
conda安装
生信软件 | bowtie2（测序序列与参考序列比对）
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1. 介绍 2. 安装 2.1下载 2.2 解压 2.3 设置环境变量 3. 使用 3.1 命令 3.1.1 必需参数 3.1.2 可选参数（常用） 3.2 构建索引 3.2.1 官方索引 3.2.2 自建索引 3.3 例子 3.3.1 例子：M. musculus, UCSC mm10 1. 介绍 Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具。适...
LCWGS(6)在Linux服务器上安装Bowtie2
Junbo_Just_Jia的博客
04-28 1340
Bowtie2是一种用于将序列读段与长参考序列进行比对的超快且内存高效的工具。它特别擅长对齐大约50到100或1000个字符的读段，并且特别擅长对齐相对较长的（如哺乳动物）基因组。Bowtie2用FM索引对基因组进行索引，以保持其占用的内存空间较小：对于人类基因组，其占用的内存通常在3.2 GB左右。Bowtie2支持有间隙、局部和成对末端对齐模式。下面介绍如何在Linux服务器上安装Bowtie2。
Linux Bioconda环境配置及生信软件安装
m0_55220082的博客
09-25 1588
bioconda的使用首先需要安装miniconda，在安装好miniconda之后，添加相应的生物信息软件相关的channel之后，就是bioconda了。bioconda是一个管理生物信息软件的工具软件，它基于anaconda可以进行生物软件的搜索、下载、安装、升级、删除等操作，可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。启动虚机机，尝试使用命令：cd /mnt/hgfs 进入hgfs文件夹，若无法找到hgfs文件夹或hgfs下无共享文件夹，则需要手动进行挂载。选择settings。
Centos6.5下本地安装Bowtie2的详细步骤
飘羽的博客
12-05 2442
1.现在Bowtie2安装包： bowtie2-2.3.3-linux-x86_64.zip 2.将安装包放在指定的文件目录下，并进行解压缩： unzip bowtie2-2.3.3-linux-x86_64.zip 3.配置环境变量： vi /etc/profile 添加内容： export BOWTIE_HOME=/home/software/bowtie2-
生信技能树 linux下安装bowtie2和使用bowtie2进行初步比对
leianuo123的博客
08-12 6491
linux下安装软件 echo $PATH ##查看路径 echo $PATH|tr ":" "\n"|xargs ls -lh ls -lh /usr/bin 下载安装Bowtie2 首先在root下新建一个Biosoft的文件夹，切换目录到该文件夹 cd Biosoft 再在该文件夹下，新建一个Bwotie2的文件夹 mkdir Bowtie2 下载Bowtie2的网址 wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1
bowtie2-2.1.0-linux-x86_64.zip
01-05
RNA-seq分析软件,Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。Bowtie对参考基因组编纂Burrows-Wheeler索引来保证它具有小型的存储印记（memory footprint）：典型的人类基因组需要2.2GB的存储索引（如果是paired-end测序的话则需要2.9GB）
bowtie2-master
03-16
在实际使用中，用户需要下载并安装bowtie2，然后根据实验设计创建索引，并设置比对参数。"bowtie2-master.zip"文件包含了bowtie2的源代码和相关文档，用户可以对其进行编译和自定义配置。 五、案例应用 bowtie2...
生信基因序列比对相关软件安装fastqc、hisat2、bwa、samtools；GATK docker安装
weixin_42357472的博客
11-06 2191
流程：fastq格式处理==》sam格式比对结果==》bam格式（二进制sam）
实验记录 | bowite2安装
weixin_40640700的博客
05-10 1411
我首先使用conda进行安装，但是最后出现了与samtools相似的问题，于是，现在直接下载软件包。 https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.2/ 从列表中选择适用于linux系统的软件包（linux-x86_64）。 解压。 unzip bowtie2-2.4.2-linux-x86_64.zip 配置环境变量。 sudo vi ~/.bashrc 在文件中添加bowite2的系统安装路径： export PATH="/
Bowtie2使用方法与参数详细介绍
高锦的博客
09-05 4万+
bowtie2 使用与参数详解
Bowtie2生成linux的动态链接库.so文件
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04-03 425
首先下载bowtie2的源码https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2选择source文件。将下载好的源码解压执行(centos6.5需要自行升级g++的版本)g++ -O3 -m64 -msse2  -funroll-loops -g3 -DCOMPILER_OPTIONS="\"-O3 -m64 -msse2  -funr...
Matlab Simulink#直驱永磁风电机组并网仿真模型 基于永磁直驱式风机并网仿真模型 采用背靠背双PWM变流器，先整流
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Matlab Simulink#直驱永磁风电机组并网仿真模型 基于永磁直驱式风机并网仿真模型。 采用背靠背双PWM变流器，先整流，再逆变。 不仅实现电机侧的有功、无功功率的解耦控制和转速调节,而且能实现直流侧电压控制并稳定直流电压和网侧变换器有功、无功功率的解耦控制。 风速控制可以有线性变风速，或者恒定风速运行，对风力机进行建模仿真。 机侧变流器采用转速外环，电流内环的双闭环控制，实现无静差跟踪。 后级并网逆变器采用母线电压外环，并网电流内环控制，实现有功并网。 并网电流畸变率在2%左右。 附图仅部分波形图，可根据自己需求出图。 可用于自用仿真学习，附带对应的详细说明及控制策略实现的paper，便于理解学习。 模型完整无错，可塑性高，可根据自己的需求进行修改使用。 包含仿真文件和说明
anaconda如何安装bowtie2
08-23
你可以通过以下步骤在Anaconda中安装bowtie2: 1. 首先，确保你已经安装了Anaconda或Miniconda，并且已经正确配置了环境变量。 2. 打开Anaconda Prompt或Miniconda Prompt，这是一个特殊的命令行界面，用于管理和执行conda命令。 3. 创建一个新的Python环境，可以使用以下命令: conda create -n myenv python=2.7 这将创建一个名为myenv的环境，并指定Python版本为2.7。你可以根据你的需要选择不同的环境名称和Python版本。 4. 激活新创建的环境，可以使用以下命令: conda activate myenv 这将激活名为myenv的环境，将会在命令行提示符前显示环境名称。 5. 安装bowtie2，可以使用以下命令: conda install -c bioconda bowtie2 这将从bioconda渠道安装bowtie2包。 通过以上步骤，你就成功地在Anaconda中安装了bowtie2包。记得在需要使用bowtie2的时候，先激活对应的环境。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Anaconda的安装、配置与使用conda安装软件](https://blog.csdn.net/jianhunhenbaqi/article/details/120950047)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [conda安装bowtie2的报错:undefined symbol](https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/115166861)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_2"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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