如何从NCBI下载SRA数据

最新推荐文章于 2024-08-16 20:45:57 发布
最新推荐文章于 2024-08-16 20:45:57 发布
阅读量1.7w 收藏 3
点赞数
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/SicongFu/article/details/52648421
版权
这篇博客介绍了如何从NCBI下载SRA数据，并使用sra toolkit将其转换为fastq格式。通过在浏览器中复制下载链接，然后使用wget命令下载.sra文件，接着利用sratoolkit的fastq-dump工具将.sra文件转换成fastq或fasta格式。
摘要由CSDN通过智能技术生成
1.找到需要的sra数据，找到对应的sample Accession，或者叫做 ：Experiment Accession。我在做的时候使用的是：Experiment Accession，因为用sample Accession，搜索结果页没有对应的那个链接：


2.打开NCBI，然后搜索：
SRX145808 3.点击： ，如下图所示：
最低0.47元/天 解锁文章
SicongFu
关注
批量下载sra文件linux,NCBI下载SRA数据的4种方法
weixin_34757654的博客
04-29 6097
作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((National Center for Biotechnology Information Search database，一个综合性的生命科学资源网站)。那么作为一个生命科学中的一员，如果你们没用过NCBI网站，这就好像是在说“知网是啥”。希望提到这个网站的事情，你的表情不会是下面这个样子，哈哈哈。。。不管你是否了解NCBI网站，这都...
linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法
weixin_42472941的博客
05-03 1629
SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRA　Tookit下载SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件，我们需要下...
<二代测序> 批量下载 NCBI sra 文件
自由 平等~忠诚 奉献
04-06 1万+
前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介绍。R语言 SRAdb 包参考 https://www.biostars.org/p/93494/# 安装 sou
NCBI批量下载序列
最新发布
hgz2020的博客
08-16 277
NCBI
生信项目之NCBI下载数据集详解
weixin_44540733的博客
03-10 4840
NCBI（National Center for Biotechnology Information）的中文名称是美国生物信息技术中心，该网站是美国医学图书馆（NLM）的一部分。该网站提供了下载数据集、上传数据集、在线分析数据集以及提供了部分生物信息学工具如（BLAST：一款序列比对工具）等功能。本文主要介绍如何在NCBI上下载数据集。这三种方法是目前比较常用的下载数据集的方法，当然还用其他很多下载数据集的方法，具体的下载数据集的方法要按照该生信项目的需求进行下载。
SRA Toolkit(从NCBI下载数据)
m0_46807718的博客
08-07 1949
下载完成之后，当前文件夹下会生成一个。然后同级文件夹下会生成。
生信 使用SRA Toolkit下载SSR数据
m0_69569041的博客
05-08 689
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra software --download 下载了NCBI SRA Toolkit解压后得到2进制的exe工具包 快捷键win+R， sysdm.cpl， 打开配置path， 环境变量， 系统变量-path， 新建， 把存放sratoolkit的路径复制黏贴加上 在powershell中 cd D:\sratoolkit.3.0.0-win64\bin 到路径到工具包路径 数据下载 1.从ncbi的s
ncbi下载sra数据
Cassiel60的博客
03-22 4108
避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下 1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software，解压安装。 2.然后在NCBI里面搜索SRA，输入所查找的号，比如SRR6040618 3.进入后，点击右上角的Send to，选择File，在下拉页选择...
批量下载sra文件linux,Linux下从NCBI批量下载SRA数据的sra和aspera方法
weixin_35329035的博客
04-29 1045
Minus_yao 2018.04.25 yaoguocai_cool@163.com#从NCBI下载SRA数据,最近在疯狂下载宏基因组数据，试着解决一下这个问题~方法一：软件准备：使用ncbi提供的下载工具sratoolkit，下载到本地服务器上Wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.0/sratoolkit.2.9.0-cent...
linux下载测序数据,利用SRA号从NCBI下载测序原始数据
weixin_28916013的博客
05-12 1224
生物或医学中涉及高通量测序的论文，一般会将原始测序数据上传到公开的数据库，上传方式见测序文章数据上传找哪里；并在文章末尾标明数据存储位置和登录号,如The data from this study was deposited in NCBI Sequence Read Archive under accession SRA: SRP114962.。NCBI的SRA (Sequence Read ...
SRA-Toolkit安装
win_win223的博客
11-09 3099
SRAToolkit的安装
【NCBI】SRA toolkit安装及使用-Windows&Linux版本
weixin_48076899的博客
06-20 4246
由于市面上的文章介绍SRA toolkit基本上都是基于Linux，而在windows下运行SRA toolkit基本上可以达到相同的效果且更为方便，故本文将分别阐明在Windows和Linux环境下SRA toolkit的安装及使用。
向NCBI上传16S rDNA数据的操作详解
热门推荐
yue81560的博客
07-09 2万+
专门介绍向NCBI上传16S rDNA数据的方法不太多。因为自己有上传数据的需要，所以决定边摸索边写下操作流程。如果这篇博文交代了上传步骤以及一些描述文件属性的书写，帮到你的话，还请点赞收藏。
从NCBI批量下载数据
qq_50637636的博客
03-13 3166
NCBI下载文献中提到的数据时，都会遇到数据较多，下载较慢的问题，本文提供了一个shell脚本可以批量化下载数据，提高工作效率。比如说，有一个Project号为PRJNA229998，GEO号为GSE52778的项目（转录组数据既有Project号也有GEO号，两者对应的同一个项目），该项目测了哮喘病人服用两种药后气道平滑肌的转录组，网址为，我想要下载服用Alb这种药和对照组为服药的转录组数据，大体分为三步走，一是拿到SRA号，二是筛选想要的SRA号，三是下载。
[爬虫实战]利用python快速爬取NCBI中参考基因组assembly的相关信息
weixin_56070595的博客
05-08 4862
最近在做某个课题的时候，按老师的要求需要从NCBI中批量下载不同物种的参考基因组，同时收集相应参考基因组的一些组装信息，基因组非常多，导致工作量巨大，一个一个手动收集的话，既费时又费力，这时就想到了用python爬虫来完成这项任务。本文主要介绍自己在接到任务后的思考和处理思路，仅代表个人观点，作为爬虫的练习。
菜鸟自学之——SRA Toolkit 的下载和使用
hs6605015的博客
09-18 3209
sra toolkit是ncbi上将 .sra文件转换为 .fstaq.gz文件的工具。 1.下载/调用 SRA Toolkit 可以直接在linux里在线下载，要根据自己的系统选择合适的安装版本。我查看了一下主机的linux为redhat类型，没找到这个类型的版本，又去服务器看了一下其他人的sratoolkit版本，都是centos_linux，因而选择这个版本应该是合适的。 wget htt...
SRATOOLKIT安装使用教程for_win
黄树茂博客
03-21 1808
SRATOOLKIT安装使用教程for_win
3.windows下Ubuntu，sratoolkit软件，从ncbi的sra数据库下载数据。
weixin_69558614的博客
03-21 1280
vim ~/.bashrc，添加 export PATH="/mnt/h/softwore/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/:$PATH" ，保存退出后，source ~/.bashrc，激活。在SRA数据库中可以找到很多的测序数据，可以在网页中搜素，找到自己感兴趣的数据，同时在SRA中搜索数据的方式方法也有很多，大家可以自学一下，最终找到自己感兴趣的数据。在NCBI的SRA数据库中，可以找到来自各种生物种类的测序数据，包括但不限于动物、植物、微生物等。自动解压：下载完成后，
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值