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学习进程记录与总结
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R语言:随机替换矩阵元素
R语言随机替换矩阵元素问题:给定一个布尔矩阵X∈Rm×nX∈Rm×nX\in R^{m\times n},要求随机抽取0.05%的元素,将0换成1,将1换成0。 可以用sample来选随机数。生成线性索引向量index:XXX看成一个1×mn1×mn1\times mn维向量,index∈R1×mnindex∈R1×mnindex\in R^{1\times mn}。index &...原创 2018-08-28 10:54:12 · 4426 阅读 · 0 评论 -
R语言:soft thresholding operator
R语言:矩阵计算问题:已知矩阵AAA和参数kkk,希望返回矩阵SSS,使得对SSS的每个元素:S(a)=⎧⎩⎨⎪⎪a−k,0,a+k,a>k|a|≤ka<−kS(a)={a−k,a>k0,|a|≤ka+k,a<−kS(a) = \begin{cases} a-k, & a>k \\ 0, &|a|\le k \\ a+k, & aSSS实际上是叫做soft thre...原创 2018-08-30 08:42:33 · 875 阅读 · 0 评论 -
R语言:对R包进行unit testing
R语言:对R包进行unit testingBioconductor给的官方unite testing介绍: BioC-unite testing 这个介绍写了三件事:how to write unit tests how to run them how they are woven into the standard Bioconductor build process推荐...原创 2018-09-02 10:33:02 · 2443 阅读 · 0 评论 -
转载:更新R的package的package
使用rvcheck包,代码为: rvcheck::update_all()转自:https://guangchuangyu.github.io/cn/tags/rvcheck/转载 2018-10-21 13:28:11 · 1828 阅读 · 0 评论 -
R语言:用ROCR包和pROC包评价二分类预测
使用ROCR包进行评价示例代码:## computing a simple ROC curve (x-axis: fpr, y-axis: tpr)library(ROCR)data(ROCR.simple)pred &lt;- prediction( ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)perf &lt;- performanc...原创 2018-11-26 13:58:28 · 5947 阅读 · 0 评论 -
R语言:矩阵的列排序问题
问题描述:输入:m×nm\times nm×n维矩阵XXX,行对应基因,列对应细胞;每个细胞对应的伪时间。输出:m×nm\times nm×n维矩阵YYY,行对应基因,列对应按照伪时间先后顺序排列的细胞。也就是说,根据伪时间将矩阵XXX的列进行重排。R中有三个排序的函数:rank, order, sort输入:一个向量输出:一个向量rank: 输入向量对应元素的排名order:...原创 2018-11-26 14:35:13 · 5348 阅读 · 0 评论 -
R语言:读取列数不同的txt文件
cluster1 <- read.table('cluster1.txt',fill = T,col.names = paste("V", 1:16, sep = ""))这里的16是最大列数原创 2019-01-03 21:18:27 · 5213 阅读 · 2 评论