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原创 R语言：创建bioconductor的package
Bioconductor是生物信息在R语言中常用的软件包，我是做计算生物学中方法学的，所以打算把自己设计的方法做成一个package。
2018-08-28 19:57:43
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原创 R语言：读取列数不同的txt文件
cluster1 <- read.table('cluster1.txt',fill = T,col.names = paste("V", 1:16, sep = ""))这里的16是最大列数
2019-01-03 21:18:27
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原创 R语言：矩阵的列排序问题
问题描述：输入：m×nm\times nm×n维矩阵XXX，行对应基因，列对应细胞；每个细胞对应的伪时间。输出：m×nm\times nm×n维矩阵YYY，行对应基因，列对应按照伪时间先后顺序排列的细胞。也就是说，根据伪时间将矩阵XXX的列进行重排。R中有三个排序的函数：rank, order, sort输入：一个向量输出：一个向量rank: 输入向量对应元素的排名order:...
2018-11-26 14:35:13
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原创 R语言：用ROCR包和pROC包评价二分类预测
使用ROCR包进行评价示例代码：## computing a simple ROC curve (x-axis: fpr, y-axis: tpr)library(ROCR)data(ROCR.simple)pred &lt;- prediction( ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)perf &lt;- performanc...
2018-11-26 13:58:28
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转载 转载：更新R的package的package
使用rvcheck包，代码为： rvcheck::update_all()转自：https://guangchuangyu.github.io/cn/tags/rvcheck/
2018-10-21 13:28:11
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原创 R语言：对R包进行unit testing
R语言：对R包进行unit testingBioconductor给的官方unite testing介绍： BioC-unite testing 这个介绍写了三件事：how to write unit tests how to run them how they are woven into the standard Bioconductor build process推荐...
2018-09-02 10:33:02
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原创 R语言：SVD分解求解线性方程组AX=b
R语言：SVD分解求解AX=b函数svd的用法svd分解X，使用函数svd，返回一个列表T，顺序是d, u, v。 X=UDV′X=UDV′X=UDV'T &lt;- svd(X)U &lt;- T$uD &lt;- T$dV &lt;- T$v这里T是list，注意这里的U和V是矩阵，D是向量，想要恢复原矩阵X，需要：Y &lt;- U %*% diag(D) %*...
2018-08-30 17:58:35
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原创 R语言：soft thresholding operator
R语言：矩阵计算问题：已知矩阵AAA和参数kkk，希望返回矩阵SSS，使得对SSS的每个元素：S(a)=⎧⎩⎨⎪⎪a−k,0,a+k,a>k|a|≤ka<−kS(a)={a−k,a>k0,|a|≤ka+k,a<−kS(a) = \begin{cases} a-k, & a>k \\ 0, &|a|\le k \\ a+k, & aSSS实际上是叫做soft thre...
2018-08-30 08:42:33
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原创 R语言：随机替换矩阵元素
R语言随机替换矩阵元素问题：给定一个布尔矩阵X∈Rm×nX∈Rm×nX\in R^{m\times n}，要求随机抽取0.05%的元素，将0换成1，将1换成0。 可以用sample来选随机数。生成线性索引向量index：XXX看成一个1×mn1×mn1\times mn维向量，index∈R1×mnindex∈R1×mnindex\in R^{1\times mn}。index &amp;...
2018-08-28 10:54:12
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原创 Foreword
明天去FDU参加生物数学暑校，在此之前只读了一本名为《数学动力学模型》的书，以及师兄给讲了一些基本生物学知识以及最简单的ODE模型。《数学动力学模型》是分成三部分，第一部分基础知识，第二部分是确定性模型，第三部分是随机性模型。内容还是挺难的，以我的水平，大概看到ODE相图、不动点和稳定性已经是极限了，分叉理论往后就迷了。关于随机性动力学模型，概统和随机过程这些都没有问题，一牵扯到生物就开始迷糊。而且
2017-07-03 10:04:06
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原创 随机非线性问题的随机方法
最近看了某老师的一篇关于随机惩罚方法的论文，这篇博客主要说一下惩罚方法。名字是Penalty methods with stochastic approximation for stochastic nonlinear programming。
2017-05-25 16:39:30
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空空如也
空空如也
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