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计算生物
pure小清新
学习进程记录与总结
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Foreword
明天去FDU参加生物数学暑校,在此之前只读了一本名为《数学动力学模型》的书,以及师兄给讲了一些基本生物学知识以及最简单的ODE模型。《数学动力学模型》是分成三部分,第一部分基础知识,第二部分是确定性模型,第三部分是随机性模型。内容还是挺难的,以我的水平,大概看到ODE相图、不动点和稳定性已经是极限了,分叉理论往后就迷了。关于随机性动力学模型,概统和随机过程这些都没有问题,一牵扯到生物就开始迷糊。而且原创 2017-07-03 10:04:06 · 169 阅读 · 0 评论 -
R语言:创建bioconductor的package
Bioconductor是生物信息在R语言中常用的软件包,我是做计算生物学中方法学的,所以打算把自己设计的方法做成一个package。原创 2018-08-28 19:57:43 · 1743 阅读 · 0 评论 -
R语言:用ROCR包和pROC包评价二分类预测
使用ROCR包进行评价示例代码:## computing a simple ROC curve (x-axis: fpr, y-axis: tpr)library(ROCR)data(ROCR.simple)pred <- prediction( ROCR.simple$predictions, ROCR.simple$labels)perf <- performanc...原创 2018-11-26 13:58:28 · 5936 阅读 · 0 评论 -
R语言:矩阵的列排序问题
问题描述:输入:m×nm\times nm×n维矩阵XXX,行对应基因,列对应细胞;每个细胞对应的伪时间。输出:m×nm\times nm×n维矩阵YYY,行对应基因,列对应按照伪时间先后顺序排列的细胞。也就是说,根据伪时间将矩阵XXX的列进行重排。R中有三个排序的函数:rank, order, sort输入:一个向量输出:一个向量rank: 输入向量对应元素的排名order:...原创 2018-11-26 14:35:13 · 5334 阅读 · 0 评论