Motif
浓香鸭腿面
目前从事利用 机器学习算法 进行 玉米基因组 数据挖掘的相关工作
展开
-
使用 MEME 分析不同类型的 NB-ARC 结构域中 Motif 的差异
NBS-LRR 基因家族是一种常见的抗病基因家族,该基因家族在所有抗病基因中占比超过 60%。一般被子植物的基因组中包含数百个 NBS-LRR 基因家族的基因。NBS-LRR 基因家族编码的蛋白可以分成 3 个结构域,TIR/CC/RPW8 + NBS + LRR,根据蛋白 N 端的结构域可以将 NBS-LRR 分为三类:T (TIR) NL、C (CC) NL 和 R (RPW8) NL。本文通过使用 MEME 工具包来分析 TNL、CNL、RNL 三类蛋白中 NBS 结构域的差异。数据集为从 www原创 2020-12-28 15:47:00 · 6812 阅读 · 3 评论 -
MEME 使用简介
MEME 是一款用于研究 Motif 的 组合工具套。Motif 是指在一组序列中重复出现的相似的序列模式(pattern)。MEME包含多个小工具,如 MEME、STREME、 CentriMo、 AME、 FIMO、 Tomtom 等等。MEME 工具套的功能全面,包括 挖掘 Motif(Motif Discovery)、富集 Motif(Motif Enrichment)、查询 Motif(Motif Scanning)、比较 Motif(Motif Comparison)。以下内容参考 MEME原创 2020-12-23 09:35:03 · 16294 阅读 · 0 评论