进化遗传学
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应用数学和统计学方法研究群体中基因频率和基因型频率以及影响这些频率的选择、突变、迁移、漂变等的关系,由此来探讨进化的机制。
浓香鸭腿面
目前从事利用 机器学习算法 进行 玉米基因组 数据挖掘的相关工作
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S/HIC 系列软件:diploS/HIC 利用 CNN 和非定向基因型数据识别 软/硬 清扫
本文内容摘取自 论文:diploS/HIC: An Updated Approach to Classifying Selective Sweeps. Kern AD, Schrider DR. G3 (Bethesda). 2018;8(6):1959-1970. Published 2018 May 31. doi:10.1534/g3.118.200262,引用次数 63。文章提出了新的清扫区识别算法 diploS/HIC,相比于原先的 S/HIC 算法:diploS/HIC 使用 卷积神经网原创 2022-03-05 21:32:27 · 1056 阅读 · 0 评论 -
S/HIC 系列软件:partialS/HIC 利用 CNN 识别 不完全软/硬 清扫
内容翻译整理自文章 Discovery of Ongoing Selective Sweeps within Anopheles Mosquito Populations Using Deep Learning, Molecular Biology and Evolution, March 2021。特点相比上一个软件 S/HIC ,本次作者提出的 partialS/HIC 有如下特点:软件使用 89 个群体遗传学统计参数,使用 CNN 作为核心框架。分类细化。从原来的 5 个扩展到 9 个:中原创 2021-11-06 11:49:23 · 798 阅读 · 0 评论 -
Wright–Fisher 群体模型 特征、拓展及模拟软件
Wright-Fisher (WF) 模型特征群体大小有限,恒定为 NNN 。世代间离散、非重叠 。离散是指子代同时一起出现,并非连续不断的出现。非重叠是指第 nnn 代的个体不会遗留到 n+1n+1n+1 代。可以理解为:群体内亲代同时产生了子代,当子代出现时,亲代个体全部消失。保证了 世代之间互不干扰 ,可以将 世代间遗传 的过程视为一个 马尔可夫链。个体之间随机交配 。通过从第 nnn 代单倍型中随机有放回的抽样,得到第 n+1n+1n+1 代的单倍型。如位点 SSS 在群体中有两种不同的等位原创 2021-11-05 23:08:00 · 2890 阅读 · 0 评论 -
软件:RAiSD 快速检索硬清扫区间
本文摘自文章 RAiSD detects positive selection based on multiple signatures of a selective sweep and SNP vectors,communications biology,27 June 2018,被引用量 23RAiSD 特点使用 核酸多样性 πππ 、等位基因频谱(Allele Frequency Spectrum,也称 Site Frequency Spectrum,SFS)、LD,3 个群体遗传统计参数作为原创 2021-09-12 21:14:56 · 1156 阅读 · 0 评论 -
S/HIC 系列软件:S/HIC 利用随机森林识别 软/硬 清扫
内容翻译整理自文章 S/HIC: Robust Identification of Soft and Hard Sweeps Using Machine Learning,PLoS Genet.,2016 March 15,被引用次数 118。S/HIC 软件特色相比已有软件,S/HIC 软/硬 清扫图谱的识别精度 得到了提高。S/HIC 软/硬 清扫图谱中受选择位点的识别更为精准,相比于其他软件,S/HIC 设立了新的分类:软清扫 link 区、硬清扫 link 区。通过 link 区来降低受选原创 2021-09-12 11:52:21 · 780 阅读 · 2 评论 -
研究:随机因素使硬清扫区产生软件效应(Soft Shoulders)
本文摘自文章:Soft Shoulders Ahead: Spurious Signatures of Soft and Partial Selective Sweeps Result from Linked Hard Sweeps文章主要讨论了在时间、距离维度下重组、漂变等随机因素的引入,使选择清扫留下遗传图谱不断磨损。如硬清扫图谱磨损至软清扫,再到中性。作者模拟并计算了各种情况下的多种群体遗传统计参数,通过机器学习模型 SVM 对遗传图谱的类别进行判断,以箱线图、折线图的方式形象展示了各种因素对遗传图原创 2021-09-08 00:00:15 · 661 阅读 · 0 评论 -
研究:克隆干扰影响下软清扫的消失
本文翻译自文献 Synchronous Waves of Failed Soft Sweeps in the Laboratory: Remarkably Rampant Clonal Interference of Alleles at a Single Locus(Ming-Chun Lee, Christopher J Marx, Genetics, 1 March 2013, https://doi.org/10.1534/genetics.112.148502)名词解释克隆干扰(clona原创 2021-09-02 09:46:10 · 918 阅读 · 0 评论 -
综述:难以获得充足理论支持的软清扫(soft sweep)
核心观点稀有常态突变固定后大概率会留下硬清扫的群体遗传图谱。常态突变需要有较高的频率,才能在固定时有多种单倍型,呈现出软清扫图谱。中频常态弱有益突变可能留下软清扫图谱。群体中有限量的中频常态弱有害突变可能只能留下少量的软清扫图谱。强有益突变有利与物种快速适应新环境,出现在许多平行演化的案例中。但这种方式难以创造新的功能蛋白,物种可能需要通过大量弱有益、弱有害突变的缓慢积累来进行功能上的创新。表型涉及到的基因越多,或者基因有更多的副本,则相关区间长度的增加使其越容易积累与表型相关的突变。同时,重原创 2021-08-30 10:46:24 · 1135 阅读 · 0 评论 -
研究:由 Eda 基因的重复固定而导致的棘鱼(Sticklebacks)平行演化
本文摘自文章 Widespread Parallel Evolution in Sticklebacks by Repeated Fixation of Ectodysplasin Alleles研究目的先前的研究发现,淡水棘鱼约在 10,000 到 20,000 年前冰川广泛融化后,从海水棘鱼演化而来。但世界各地的淡水棘鱼都表现出相同演化趋势 —— 骨甲厚度降低。为了揭示这种平行演化背后的分子机制,作者设计并完成了此研究。核心观点巨大的变化可以通过相对简单的遗传机制产生(如单突变)。平行进原创 2021-08-27 21:15:50 · 875 阅读 · 0 评论 -
研究:实验选择下细菌有益突变的分布特征
本文摘取自文献 Kassen, R., Bataillon, T. Distribution of fitness effects among beneficial mutations before selection in experimental populations of bacteria. Nat Genet 38, 484–488 (2006). https://doi.org/10.1038/ng1751实验目的验证极值理论:有益突变的适应度成指数型分布突变具有多效性,少量的突变会提原创 2021-08-16 16:46:11 · 288 阅读 · 0 评论 -
综述:演化遗传学发展历史简介
本文主要翻译并精简自文章:Orr, H. The genetic theory of adaptation: a brief history. Nat Rev Genet 6, 119–127 (2005). https://doi.org/10.1038/nrg1523名词解释自然适应(Adaptation):指群体向最适合当前环境的表型所进化的过程。常设遗传变异(Standing Genetic Variation):指在群体中已长期存在的变异,而非新出现的变异。微突变理论(Microm原创 2021-08-15 20:59:22 · 783 阅读 · 0 评论