浓香鸭腿面的博客

IQtree 默认构建的是 无根 系统发育树，但 v2.1.3 版本后 IQtree 提供了使用 Lie Markov Model 算法对系统发育树实现 无外群生根 功能（Rooting phylogenetic trees）。但在使用过程中，由于功能较新，IQtree 在 处理 SNP 数据 的过程中包含较多 Documentation 未说明的 Bug 。本文主要包含两部分：系统发育树生根操作及踩坑内容，不包含生根原理。其中踩坑内容了解即可，可能随着 IQtree 版本的更新而得到修复。......

本文为用 vcf 格式的 SNP 数据构建系统发育树的教程，主要包括：Vcf 文件转 Phylip 文件、Phylip 文件输入 IQtree 建树 两部分

本文通过 4 个兰花的基因组注释，主要利用 MCScanX 软件分析 NB-ARC 基因家族在不同物种间的共线性区段以及基因复制事件。步骤参考文献 Genome- Wide Analysis of the Nucleotide Binding Site Leucine-Rich Repeat Genes of Four Orchids Revealed Extremely Low Numbers of Disease Resistance Genes，Front. Genet.，08 January 202

为了探索四个兰花中NBS-LRR基因的关系，基于保守 NBS结构域 的比对氨基酸序列，重建了系统树。为了避免受到“嘈杂字符”的干扰，从系统发育分析中排除了太短或差异很大的序列。系统发育分析是使用基于最大似然算法的IQ-TREE完成的。最合适的模型是通过IQ-TREE内嵌的ModelFinder估算得到。分枝支持值通过IQ-TREE内嵌的UFBoot2进行评估。比例尺指示遗传距离。来自基底被子植物Amborellla trichopoda的TNL基因被用作外群。此外，通过使用Notung软件将NBS-LRR基

关键词 blastp，Hmmer，hmmsearch，hmmscan，Pfam，NCBI CDD本文对 4 种兰花（Apostasia shenzhenica、Phalaenopsis equestris、Dendrobium catenatum、Gastrodia elata）的基因组使用 Blastp 和 Hmmer 两个基于不同算法的软件，筛选出包含 NBS-LRR 结构域的蛋白。简要步骤Apostasia shenzhenica、Phalaenopsis equestris、Dendrobi

本文以 4 个兰科物种的 252 个 NB-ARC domian 蛋白序列信息为数据集，介绍 MUSCLE、IQtree 的使用，最后构建出包含 252 个蛋白的无根进化树。MUSCLEMUSCLE 是一款可以用于快速多序列比对的软件，相比 ClustalW 而言在不损失精度的情况下速度提升了数倍。MUSCLE 下载使用 apt 下载 sudo apt install muscle使用 conda 下载 conda install muscleMUSCLE 使用 mus

文章内容主要参考：https://github.com/davidemms/OrthoFinderhttps://davidemms.github.io/OrthoFinder 功能查找直系同源组和直系同源物推断所有直系同源组的有根基因树识别基因树中的所有基因重复事件推断有根物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树上为不同物种基因组间的比较分析提供全面的统计信息OrthoFinder 功能及优势使用 DIAMOND 软件进行 blast，大幅提高 blast 速度。使