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玉米基因组
文章平均质量分 93
包含玉米基因组、玉米关联群体、玉米驯化改良等内容
浓香鸭腿面
目前从事利用 机器学习算法 进行 玉米基因组 数据挖掘的相关工作
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教程:群体演化方法分析玉米的驯化与改良
一般文章在筛选 正选择区间 时,大多 不考虑 群体的 演化历史,即不考虑 群体大小 的变化,只进行亚群之间各种群体遗传参数的对比,这可能会产生大量的假阳性。另一方面,研究一般也 不考虑 遗传信息的 迁移。所以作者希望将群体演化历史及遗传信息的迁移纳入选择区间的考量因素中,以提高结果的准确性。值得注意的是,此方法误差的主要来源为 预测 的群体演化历史与 真实 历史间的差异。其中影响预测的因素众多,且较多因素 无法确定,如碱基突变率,有的研究预测结果为 3.3×10−83.3×10^{-8}3.3×10−8,原创 2022-05-30 17:05:07 · 2173 阅读 · 0 评论 -
教程:群体遗传学方法分析玉米的驯化与改良
本文是 Edward S Buckler、Matthew B Hufford 等人于 2012 年在 NG 上发表的 letter,作为玉米 HapMap2 的子课题。作为资源数据的说明文章,本文没有创新性的方法,内容中规中矩,使用多种群体遗传学分析手段,比较了驯化和改良对玉米基因组的影响。本文可以作为一篇教程,记录在此以便日后查阅方便。绘制系统发育进化树,观察各品系之间的遗传距离;使用 XP-CLR、π、ρ、Fst、Tajima’s D、Fay and Wu’s H、LD、SNP 频率分布 等群体遗原创 2022-05-28 11:43:40 · 2395 阅读 · 0 评论 -
玉米关联群体:155、368、527 自交系群体简介(Yan Jianbing,2010、2013)
Yang, X., Yan, J., Shah, T. et al. Genetic analysis and characterization of a new maize association mapping panel for quantitative trait loci dissection. Theor Appl Genet 121, 417–431 (2010). https://doi.org/10.1007/s00122-010-1320-y背景前人研究证明,使用关联分析(As.原创 2022-05-19 21:34:31 · 3136 阅读 · 0 评论 -
研究:利用 溯祖模拟 挖掘与玉米农艺性状相关的 稀有突变(Science 2005)
Wright SI, Bi IV, Schroeder SG, et al. The effects of artificial selection on the maize genome. Science. 2005 Oct 7; 308(5726):1310-1314. doi:10.1126/science.1107891Yamasaki M, Tenaillon MI, Bi IV, et al. A large-scale screen for artificial selection i.原创 2022-05-12 22:52:01 · 693 阅读 · 0 评论 -
研究:利用古代玉米基因组推断美国玉米群体演化历史(Science 2017)
Genomic estimation of complex traits reveals ancient maize adaptation to temperate North America,Kelly Swarts ,Rafal M. Gutaker,Detlef Weigel,Edward S. Buckler,Hernán A. Burbano,Science,4 Aug 2017 ,DOI: 10.1126/science.aam9425本文的特殊材料是 15 个古代玉米样本的基因组数据,.原创 2022-05-08 23:05:45 · 1796 阅读 · 0 评论 -
玉米关联群体:NAM(Nested Association Mapping)群体简介(Edward S. Buckler,2009)
本文内容主要摘自下面 3 篇文章:第一篇介绍了 NAM 群体的 构建 及玉米基因组的 重组特征;第二篇介绍了 计算机模拟 下 NAM 群体挖掘 QTL 的 效力;第三篇介绍了 NAM 群体的 应用,使用 NAM 群体挖掘与 花期 相关的 QTL 及特征;Genetic Properties of the Maize Nested Association Mapping Population,Michael D. Edward S. Buckler,Science,7 Aug 2009,doi: 10.原创 2022-04-29 17:15:24 · 5347 阅读 · 0 评论 -
连锁定位(Linkage Mapping)与关联定位(Association Mapping)
本文主要介绍了育种领域早期(2001年以前)定位 QTL(quantitative trait loci,数量性状基因座)所使用的方法及分子标记。虽然随着分子标记技术的不断更新,定位方法中的许多问题已经得到了有效解决,但有些矛盾是依然存在的。如全基因组测序的普及使人们使用 SNP 作为分子标记,测序能覆盖到的区间中的所有突变位点都会以 SNP 的形式呈现,无 SNP 区间则序列完全一致,再讨论分子标记和 QTL 之间的连锁性已意义不再;但对于测序无法覆盖或与参考基因组无法比对成功的片段,SNP 与缺失片段.原创 2022-04-13 15:08:20 · 4096 阅读 · 0 评论