算法设计与分析 实验九 LCS算法

问题

最长公共子序列LCS算法
设X和Z是两个序列，其中X=<x1, x2, …,xm>，Z=< z1, z2,…, zk>
如果存在X的元素构成的按下标严格递增序列< xi1, xi2, …,xik>，使xij=zj，j=1,2，…，k，那么Z是X的子序列，Z含有的元素个数，称为子序列长度。
设定义X和Y是两个序列，如果Z既是X的子序列，也是Y的子序列，则称Z是X和Y的公共子序列。
例如：
X=<A,B,C,B,D,A,B>
Y=<B,D,C,A,B,A>
最长公共子序列为：
<B,C,A,B>
<B,C,B,A>
<B,D,A,B>
对于给定序列X=<x1, x2, …,xm>，Y=< y1, y 2,…, y j>，求X和Y的最长公共子序列。

解析

Xi=<x1, x2, …,xi>
Yj=< y1, y 2,…, y j>
Zk=< z1, z 2,…, z k>
如果Zk是Xi和Yj的最长公共子序列那么存在如下三种情况：
（1）、xi=yj，那么zk= xi=yj，Zk-1是Xi-1和Yj-1的最长公共子序列。
（2）、xi≠yj，zk≠xi，Zk是Xi-1和Yj的最长公共子序列。
（3）、xi≠yj，zk≠yj，Zk是Xi和Yj-1的最长公共子序列。
递推关系：
C[i,j]表示是Xi和Yj的最长公共子序列的长度
i是X长度，j是Y的长度，C[i,j]是Z的长度

实例：
X=<A,B,D,C,B,A,C>
Y=<B,C,A,D,A,A>
m=0-7
n=0-6

第一步

初始化C[i,j]

i \ j	0	1	2	3	4	5	6
0	0	0	0	0	0	0	0
1	0
2	0
3	0
4	0
5	0
6	0
7	0

1、i=1
（1）、j=1，A≠B，X1≠Y1，C[1,1]=max{C[0,1]，C[1,0]}=max{0,0}=0，删除x
（2）、j=2，A≠C，X1≠Y2，C[1,2]=max{C[0,2]，C[1,1]}=max{0,0}=0，删除x
（3）、j=3，A=A，X1=Y3，C[1,3]=C[0,2]+1=0+1=1，删除x和y
（4）、j=4，A≠D，X1≠Y4，C[1,4]=max{C[0,4]，C[1,3]}=max{0,1}=1，删除y
（5）、j=5，A=A，X1=Y5，C[1,5]=C[0,4]+1=0+1=1，删除x和y
（6）、j=6，A=A，X1=Y6，C[1,6]=C[0,5]+1=0+1=1，删除x和y

2、i=2
（1）、j=1，B=B，X2=Y1，C[2,1]=C[1,0]+1=0+1=1，删除x和y
（2）、j=2，B≠C，X2≠Y2，C[2,2]=max{C[1,2]，C[2,1]}=max{0,1}=1，删除y
（3）、j=3，B≠A，X2≠Y3，C[2,3]=max{C[1,3]，C[2,2]}=max{1,1}=1，删除x
（4）、j=4，B≠D，X2≠Y4，C[2,4]=max{C[1,4]，C[2,3]}=max{1,1}=1，删除y
（5）、j=5，B≠A，X2≠Y5，C[2,5]=max{C[1,5]，C[2,4]}=max{1,1}=1，删除x
（6）、j=6，B≠A，X2≠Y6，C[2,6]=max{C[1,6]，C[2,5]}=max{1,1}=1，删除x

3、i=3
（1）、j=1，D≠B，X3≠Y1，C[3,1]=max{C[2,1]，C[3,0]}=max{1,0}=1，删除x
（2）、j=2，D≠C，X3≠Y2，C[3,2]=max{C[2,2]，C[3,1]}=max{1,1}=1，删除x
（3）、j=3，D≠A，X3≠Y3，C[3,3]=max{C[2.3]，C[3,2]}=max{1,1}=1，删除x
（4）、j=4，D=D，X3=Y4，C[3,4]=C[2,3]+1=2，删除x和y
（5）、j=5，D≠A，X3≠Y5，C[3,5]=max{C[2,5]，C[3,4]}=max{1,2}=2，删除y
（6）、j=6，D≠A，X3≠Y6，C[3,6]=max{C[2,6]，C[3,5]}=max{1,2}=2，删除y

4、i=4
（1）、j=1，C≠B，X4≠Y1，C[4,1]=max{C[3,1]，C[4,0]}=max{1,0}=1，删除x
（2）、j=2，C=C，X4=Y2，C[4,2]=C[3,1]+1=2，删除x和y
（3）、j=3，C≠A，X4≠Y3，C[4,3]=max{C[3,3]，C[4,2]}=max{1,2}=2，删除y
（4）、j=4，C≠D，X4≠Y4，C[4,4]=max{C[3,4]，C[4,3]}=max{2,2}=2，删除x
（5）、j=5，C≠A，X4≠Y5，C[4,5]=max{C[3,5]，C[4,4]}=max{2,2}=2，删除x
（6）、j=6，C≠A，X4≠Y6，C[4,6]=max{C[3,6]，C[4,5]}=max{2,2}=2，删除x

5、i=5
（1）、j=1，B=B，X5=Y1，C[5,1]=C[4,0]+1=0+1=1，删除x和y
（2）、j=2，B≠C，X5≠Y2，C[5,2]=max{C[4,2]，C[5,1]}=max{2,1}=2，删除x
（3）、j=3，B≠A，X5≠Y3，C[5,3]=max{C[4,3]，C[5,2]}=max{2,2}=2，删除x
（4）、j=4，B≠D，X5≠Y4，C[5,4]=max{C[4,4]，C[5,3]}=max{2,2}=2，删除x
（5）、j=5，B≠A，X5≠Y5，C[5,5]=max{C[4,5]，C[5,4]}=max{2,2}=2，删除x
（6）、j=6，B≠B，X5≠Y6，C[5,6]=max{C[4,6]，C[5,5]}=max{2,2}=2，删除x

6、i=6
（1）、j=1，A≠B，X6≠Y1，C[6,1]=max{C[5,1]，C[6,0]}=max{1,0}=1，删除x
（2）、j=2，A≠C，X6≠Y2，C[6,2]=max{C[5,2]，C[6,1]}=max{2,1}=2，删除x
（3）、j=3，A=A，X6=Y3，C[6,3]=C[5,2]+1=2+1=3，删除x和y
（4）、j=4，A≠D，X6≠Y4，C[6,4]=max{C[5,4]，C[6,3]}=max{2,3}=3，删除y
（5）、j=5，A=A，X6=Y5，C[6,5]=C[5,4]+1=2+1=3，删除x和y
（6）、j=6，A=A，X6=Y6，C[6,6]=C[5,5]+1=2+1=3，删除x和y

7、i=7
（1）、j=1，C≠B，X7≠Y1，C[7,1]=max{C[6,1]，C[7,0]}=max{1,0}=1，删除x
（2）、j=2，C=C，X7≠Y2，C[7,2]=C[6,1]+1=1+1=2，删除x和y
（3）、j=3，C≠A，X7≠Y3，C[7,3]=max{C[6,3]，C[7,2]}=max{3,2}=3，删除x
（4）、j=4，C≠D，X7≠Y4，C[7,4]=max{C[6,4]，C[7,3]}=max{3,3}=3，删除x
（5）、j=5，C≠A，X7≠Y5，C[7,5]=max{C[6,5]，C[7,4]}=max{3,3}=3，删除x
（6）、j=6，C≠A，X7≠Y6，C[7,6]=max{C[6,6]，C[7,5]}=max{3,3}=3，删除x

最终得到C[i,j]

i\j	0	1	2	3	4	5	6
0	0	0	0	0	0	0	0
1	0	0；删除x	0；删除x	1；删除x和y	1；删除y	1；删除x和y	1；删除x和y
2	0	1；删除x和y	1；删除y	1；删除x	1；删除y	1；删除x	1；删除x
3	0	1；删除x	1；删除x	1；删除x	2；删除x和y	2；删除y	2；删除y
4	0	1；删除x	2；删除x和y	2；删除y	2；删除x	2；删除x	2；删除x
5	0	1；删除x	2；删除x	2；删除x	2；删除x	2；删除x	2；删除x
6	0	1；删除x	2；删除x	3；删除x和y	3；删除y	3；删除x和y	3；删除x和y
7	0	1；删除x	2；删除x和y	3；删除x	3；删除x	3；删除x	3；删除x

第二步

（1）、X=7，Y=6
查表C(7,6)得“3；删除x”
X=<A,B,D,C,D,A,C>
Y=<B,C,A,D,A,A>
=>
X=<A,B,D,C,D,A>
Y=<B,C,A,D,A,A>

（2）、X=6，Y=6
查表C(6,6)得“3；删除x和y”
X=<A,B,D,C,D,A>
Y=<B,C,A,D,A,A>
=>
X=<A,B,D,C,D>
Y=<B,C,A,D,A>
输出A

（3）、X=5，Y=5
查表C(5,5)得“2；删除x”
X=<A,B,D,C,D>
Y=<B,C,A,D,A>
=>
X=<A,B,D,C>
Y=<B,C,A,D,A>

（4）、X=4，Y=5
查表C(4,5)得“2；删除x”
X=<A,B,D,C,>
Y=<B,C,A,D,A>
=>
X=<A,B,D>
Y=<B,C,A,D,A>

（5）、X=3，Y=5
查表C(3,5)得“2；删除y”
X=<A,B,D>
Y=<B,C,A,D,A>
=>
X=<A,B,D >
Y=<B,C,A,D>

（6）、X=3，Y=4
查表C(3,4)得“2；删除x和y”
X=<A,B,D>
Y=<B,C,A,D>
=>
X=<A,B>
Y=<B,C,A>
输出D

（7）、X=2，Y=3
查表C(2,3)得“1；删除x”
X=<A,B>
Y=<B,C,A>
=>
X=<A,>
Y=<B,C,A>

（8）、X=1，Y=3
查表C(1,3)得“1；删除x和y”
X=<A,>
Y=<B,C,A>
=>
X=<>
Y=<B,C>
输出A

（9）、X=0，Y=2
算法结束，输出<A,D,A>

核心代码

//找到最长公共子串的长度
	public static void findMaxLength() {
		//初始化C[i,j]
		for (int i = 0; i < X.length; i++) {
			C[i][0]=0;
		}
		for (int i = 0; i < Y.length; i++) {
			C[0][i]=0;
		}
		// i 问题的规模（长度）
		for (int i = 1; i <= X.length; i++) {
			// j的值不断变化
			for (int j = 1; j <= Y.length; j++) {
				//X和Y的初始下标为0
				if(X[i-1]==Y[j-1]) {
					C[i][j]=C[i-1][j-1]+1;
					B[i][j]="删除x和y";
				}else {
					if(C[i][j-1]>C[i-1][j]) {
						C[i][j]=C[i][j-1];
						B[i][j]="删除y";
					}else {
						C[i][j]=C[i-1][j];
						B[i][j]="删除x";
					}
				}
			}
		}
	}
	
	//输出最长公共子序列
	public static void maxSubsequence(int i,int j) {
		if(i==0||j==0) {
			return ;
		}
		if("删除x和y".equals(B[i][j])) {
			list.add(X[i-1]);
			i--;
			j--;
		}else if("删除x".equals(B[i][j])){
			i--;
		}else if("删除y".equals(B[i][j])) {
			j--;
		}
		maxSubsequence(i, j);
	}

时间复杂度

算法时间复杂度为O(mn)

源码

github源码