PCSE
模型核心
- PCSE核心部分是土壤水分平衡，在整个运行过程中不断进行模拟。而CropSimulation（作物模拟）只有在收到AgroManagement（田间管理模块）发出的 “CROP_START ”信号后才会被初始化。从那时起，土壤-作物模块开始模拟，包括土壤和作物之间的相互作用，如根系生长和蒸腾作用。
当接收到“CROP_FINISH”信号时，作物模拟将被结束。此时，作物模拟中的finalize()函数将被执行。此外，“CROP_FINISH”信号还可以指定作物模拟对象删除，这对于扩展PCSE以运行作物轮作是很有用的。最后，当接收到“TERMINATE”信号时，整个模拟将终止。此时，水平衡中的finalize()函数将被执行，模拟停止。
作物管理模块
- 作物管理模块包括农事日历、轮作、状态和定时事件。
- 每个阶段可以包含农事日历，定时事件，状态事件。为了更好地理解为AgroManager提供输入数据的结构，例如：
AgroManagement:
- 1999-08-01:
CropCalendar:
crop_name: wheat
variety_name: winter-wheat
crop_start_date: 1999-09-15
crop_start_type: sowing
crop_end_date:
crop_end_type: maturity
max_duration: 300
TimedEvents:- event_signal: irrigate
name: Timed irrigation events
comment: All irrigation amounts in cm
events_table:
2000-05-25:{irrigation_amount:3.0}-2000-06-30:{irrigation_amount:2.5}
StateEvents:-event_signal:apply_n
event_state:DVS
zero_condition:rising
name:DVS-basedNapplicationtable
comment:allfertilizeramountsin kg/ha
events_table:-0.3:{N_amount:1,N_recovery:0.7}-0.6:{N_amount:11,N_recovery:0.7}-1.12:{N_amount:21,N_recovery:0.7}
如果未提供收获日期，并且作物一直运行到成熟，则作物日历中的结束日期将估计为crop_start_date加上max_duration。
计时模块
用于WOFOST模型的基本计时器
timer = Timer(start_date, kiosk, final_date, mconf)
CurrentDate = timer()
土壤模块
-
水平衡模块
PCSE提供水平衡模块如下：
WaterbalancePP——用于在非水限制生产条件下的模拟。模拟潜在生产条件下的虚拟水平衡。该模块保持土壤水分含量在田间持水能力，并在整个模拟过程中只累积作物蒸腾和土壤蒸发率。
WaterbalanceFD——用于在自由排水土壤条件下的水限制生产模拟。在水资源受限的条件下，自由排水土壤的水平衡目的在于估计土壤湿度的每日值。土壤水分含量对土壤水分吸收和作物蒸腾有重要影响。水平衡的动态计算分为两部分：一部分计算每个时间步长（一天）的变化率，另一部分计算累计变量和状态变量。
水平衡受到降雨（可能作为表面蓄水缓冲）和蒸散发的驱动。所涉及的过程包括水的渗透、土壤水保持、渗漏（视为从有根区域到第二层的向下水流）以及超出最大根区的水分损失。
土壤的结构被假定为均质的。最初，土壤剖面由两层组成：实际有根的土壤层和位于根区下方直至达到最大根深的土壤层。根部从初始根深到最大根深的扩展过程在Root_Dynamics类中有详细描述。一旦达到最大根深，如果根部能够完全穿透整个剖面，土壤剖面则可视为单层系统；如果不能，则剖面底部将保留无根部分。
WaterbalanceFD类是基于WOFOST7.1中的WATFD.FOR开发的，不同之处在于，现在土壤深度完全由最大土壤深度（RDMSOL）确定，而不是由土壤深度和作物最大根深（RDMCR）的较小值确定。
SnowMAUS——用于模拟积雪覆盖层的积累和融化。该模型描述了由于降水、融雪和升华导致的雪层积累和融化。SnowMAUS 模型的设计目的是跟踪表面上雪层的水厚度，即雪水当量深度（SWEDEPTH [cm]）。SWEDEPTH 转换为实际雪深（SNOWDEPTH [cm]）的方式是将 SWEDEPTH 除以雪的密度（单位为 [cm_water/cm_snow]）。
Amulti-layer waterbalance（多层水平衡模块），实现潜在条件下的模拟以及水限制的自由排水条件。当前模型尚不支持浅层地下水位的影响，但将来会实施此功能。**class pcse.soil.WaterBalanceLayered(kwargs)
该模型实现了一个分层水平衡，用于估计作物生长所需的土壤水分供应和水分压力。
传统的自由排水水平衡模型存在一些重要局限性，例如无法考虑土壤剖面中不同质地对水流的影 响。此外，在单层水平衡模型中，降雨或灌溉水分会立即被作物吸收，这种情况并不符合实际。因为所有根系会立即接触到渗入的水分，导致作物在降雨后很快恢复。这种模型不够真实，因此，随着土壤数据的详细化，更现实的土壤水平衡模型被认为是必要的，以更准确地模拟土壤过程及其对作物生长的影响。
多层水平衡模型在计算复杂性、真实水分模拟和模型校准数据的可用性之间达成了平衡。该模型仍然以日为时间步长，但引入了基于水力势头和土壤水分导电性的上下流动概念。这些概念结合在所谓的“矩阵流量势”中。模型计算了两种类型的水流：
“干流”：由矩阵流量势驱动，例如层间的吸力梯度。
“湿流”：根据当前层的导电性和重力进行流动。
显然，只有干流可能为负值（即向上流动）。干流考虑了干燥条件下水势的较大梯度（但忽略了重力影响）。湿流则仅考虑重力，并在湿润条件下占主导地位。最终，模型将干流和湿流的最大值作为向下流动，然后进一步限制，以防止（a）过饱和和（b）水分含量低于田间持水量。当干流为负值时，上升流即为干流。在这种情况下，上升流被限制在使层间水势相等所需的比例，同时考虑来自更深层的上升流的贡献。 -
碳氮模块
PCSE 包含两个土壤氮和碳模块：
N_Soil_Dynamics 模块：这是一个简单的氮动态模块，仅模拟氮的可用性作为一个氮库，不涉及任何动态过程，如淋洗、挥发等。
该模块将土壤视作一个氮的容器，由两个部分组成：
原生土壤供应：包括一个初始氮量，该氮量每天以固定比例变得可用。
外部供应：计算为提供的氮量乘以利用率，以得到实际可供作物生长的有效氮量。
此模块不模拟任何土壤生理过程，只是一种氮可用性的记录方法。另一方面，它不需要详细的土壤参数，仅需初始土壤氮量、肥料输入量、回收率和外部供应量。
SNOMIN 模块（土壤氮模块，用于矿物质和无机氮）：这是一个分层的土壤碳/氮平衡模型，要求配合分层土壤水分平衡模型使用。该模块包含了土壤中氮的完整动态过程，并考虑了有机物和有机肥料（如 manure）对土壤氮可用性的影响。
作物模拟模块
-
生育期
在WOFOST 中生育期模拟的算法使用一个无量纲的尺度表示，取值范围为 0（出苗时）、1（开花时）和 2（成熟时）。这种生长发育模式主要用于谷物作物。所有其他通过 WOFOST 模拟的作物也被强制纳入这一模式，尽管这对于所有作物可能不适用。例如，对于土豆，发育阶段 1 代表的是块茎形成的开始，而不是开花。
生育期主要受温度影响，在开花前的期间，日长和春化效应也会对发育产生影响。开花之后，只有积温继续影响发育速率。 -
同化物分配
**class pcse.crop.phenology.Vernalisation(kwargs)（春化作用）
春化反应基于 Lenny van Bussel（2011）的研究，该研究依托 Wang 和 Engel（1998）的工作。基本原理是冬小麦需要在最佳温度范围内经历一定天数的低温处理，以满足春化要求。在春化要求未满足之前，作物的发育会被延迟。
春化速率（VERNR）由温度响应函数 VERNRTB 定义。在最佳温度范围内，每天的春化状态（VERN）增加 1 天。春化对发育的影响通过基准春化要求（VERNBASE）和饱和春化要求（VERNSAT）计算。春化减少因子（VERNFAC）在 VERNBASE 和 VERNSAT 之间线性缩放。
当发育阶段达到一个临界值（VERNDVS）时，春化效应将停止。这是为了提高模型的稳定性，防止由于 VERNSAT 过高而使开花阶段无法达到。如果发生这种情况，系统会在日志文件中发出警告。**class pcse.crop.partitioning.DVS_Partitioning(kwargs)（同化物分配）
根据作物的发育阶段（DVS）计算同化物的分配，包括分配到根部、茎部、叶片和贮藏器官。该类使用固定的分配表格来确定分配比例。可用的同化物首先根据 FRTB 值分为地下部分和地上部分。然后，在第二阶段，这些同化物被进一步分配到叶片（FLTB）、茎部（FSTB）和贮藏器官（FOTB）。
由于分配比例是根据状态变量 DVS 推导的，因此这些分配比例也被视为状态变量。 -
CO2同化
**class pcse.crop.assimilation.WOFOST72_Assimilation(kwargs)
WOFOST 根据吸收的辐射量和单个叶片的光合作用-光响应曲线来计算作物的日总 CO2 同化速率。这个响应受温度和叶龄的影响。吸收辐射量由总入射辐射量和叶面积计算得出。通过对叶层和全天的同化速率进行积分，得出日总 CO2 同化量 -
呼吸速率
**class pcse.crop.respiration.WOFOST_Maintenance_Respiration(kwargs)
WOFOST 计算呼吸速率时，将其与植物器官的干重成比例，其中每种植物器官可以分配不同的呼吸速率。具体过程如下：
维持系数：每个植物器官（例如叶子、茎、根）都被分配一个特定的维持系数。这个系数反映了维持该器官所需的相对呼吸量。
计算相对维持呼吸：将每个器官的干重乘以其相应的维护系数，从而得出该器官的相对维持呼吸量（RMRES）。
校正衰老：使用一个参数 RFSETB 对 RMRES 进行衰老校正。这一调整考虑了植物器官随着年龄增长而衰退的情况，从而减少维持呼吸量。
日均温度调整：最后，根据每日的平均温度计算实际的维持呼吸率。每增加10度温度，呼吸率将按 Q10 参数的定义相对增加。 -
蒸散
**class pcse.crop.evapotranspiration.Evapotranspiration(kwargs)
潜在蒸发速率（水分和土壤）以及实际作物蒸腾速率的计算
**class pcse.crop.evapotranspiration.EvapotranspirationCO2(kwargs)
考虑到CO₂对作物蒸腾作用的影响，计算蒸发（水分和土壤）和蒸腾速率。
**class pcse.crop.evapotranspiration.EvapotranspirationCO2Layered(kwargs)
针对分层土壤，计算蒸发（水分和土壤）及蒸腾速率，并考虑CO₂对作物蒸腾的影响。
pcse.crop.evapotranspiration.SWEAF(ET0,DEPNR)
计算土壤水分可利用系数（SWEAF）。
土壤水分可利用系数（SWEAF）是土壤水分在田间持水量和萎蔫点之间的分数，取决于潜在蒸散量（对于封闭冠层，单位：cm/day，ET0）和作物组编号（DEPNR），范围从1（=干旱敏感）到5（=干旱耐受） -
叶片动态
**class pcse.crop.leaf_dynamics.WOFOST_Leaf_Dynamics(kwargs)
该功能实现了叶片的生物量分配、叶片的生长和衰老过程。WOFOST会记录每天分配给叶片的生物量（变量LV），这些叶片被称为叶片类别（leaf class）。对于每个叶片类别，还会记录叶片的年龄（变量LVAGE）和特定叶面积（变量SLA）。通过对所有叶片类别的生物量值进行求和，可以计算出总的活叶片生物量。类似地，叶面积通过将叶片生物量与特定叶面积相乘（LV * SLA）来计算。叶片的衰老可能是由于生理年龄、干旱胁迫或自遮荫等因素造成的。
**class pcse.crop.leaf_dynamics.WOFOST_Leaf_Dynamics_N(kwargs)
叶片动态（氮素胁迫响应）
class pcse.crop.leaf_dynamics.CSDM_Leaf_Dynamics(**kwargs)
叶片动态（冠层结构动态模型）
td = 150
CSDM_MAX = 5.
CSDM_MIN = 0.15
CSDM_A = 0.085
CSDM_B = 0.045
CSDM_T1 = int(td/3.)
CSDM_T2 = td
set xrange [0:200]
set yrange [-1:8]
plot CSDM_MIN + CSDM_MAX*(1./(1. + exp(CSDM_B*(x - CSDM_T1)))**2 - exp(CSDM_A*(x - CSDM_T2)))
- 根系动态
**class pcse.crop.root_dynamics.WOFOST_Root_Dynamics(kwargs)
在 WOFOST 模型中，根系生长和根生物量的动态是两个独立的过程，唯一的例外是当根系系统不再接收到生物量时，根系生长会停止。
根生物量的增加源于将同化物分配到根系系统。根系的死亡由当前根生物量与相对死亡率（RDRRTB）的乘积来定义，而相对死亡率是发育阶段（DVS）的函数。根深度的增加是一个简单的线性过程，随着时间的推移，根深度会逐渐增加，直到达到最大根深度（RDM）。 - 茎动态
class pcse.crop.stem_dynamics.WOFOST_Stem_Dynamics(**kwargs)
茎生物量的增加源于将同化物分配到茎系统。茎的死亡由当前茎生物量与相对死亡率（RDRSTB）的乘积来定义，而相对死亡率是发育阶段（DVS）的函数。
茎是植物冠层中的绿色部分，因此可以对总的光合有效面积产生贡献。这种贡献通过茎面积指数（Stem Area Index）来表达，计算方法是将茎生物量与特定茎面积（SSATB）相乘，而特定茎面积是发育阶段（DVS）的函数。 - 存储器官动态
**class pcse.crop.storage_organ_dynamics.WOFOST_Storage_Organ_Dynamics(kwargs)
储藏器官是WOFOST模型中最简单的植物组成部分，表现为一个静态的生物量池。储藏器官的生长是由于同化物分配的结果。储藏器官的死亡没有实现，相应的死亡率变量（DRSO）始终设为零。
储藏器官是植物冠层中的绿色元素，因此可以对总的光合有效面积产生贡献。这通过计算储藏器官面积指数（Pod Area Index）来表示，该指数是通过将储藏器官生物量与固定的储藏器官特定面积（SPA）相乘得出的。 - 作物氮动态
class pcse.crop.n_dynamics.N_Crop_Dynamics(**kwargs)
NPK_Crop_Dynamics实现了作物内氮（N）管理的整体逻辑。
class pcse.crop.nutrients.N_Demand_Uptake(**kwargs)
作物氮需求计算为植物营养器官（叶片、茎和根）实际氮含量与每个器官的最大氮浓度之间的差值。氮吸收量则估算为土壤供应量和作物需求量中的较小值。
氮固定（对于豆科植物）通过假设每日氮需求中有固定比例由氮固定提供来计算。剩余部分需由土壤供应。
储藏器官的氮需求计算方法稍有不同，因为假设储藏器官的需求通过从叶片、茎和根部转移的氮/磷/钾来满足。因此，储藏器官的氮吸收量计算为每日可转移氮供应量和储藏器官需求量中的较小值。 - 非生物损害
**class pcse.crop.abioticdamage.FROSTOL(kwargs)
FROSTOL模型在冬小麦霜冻损害的应用
**class pcse.crop.abioticdamage.CrownTemperature(kwargs)
该算法基于一个简单的经验方程，用于估计冠层温度（在土壤表面下2厘米处）的每日最低、最高和平均值，依据每日最低或最高温度和相对雪深（RSD）计算
当雪深为零时，冠层温度估计接近空气温度。雪深的增加作为缓冲，减弱低空气温度对冠层温度的影响。雪深的最大值限制为15厘米。A和B的典型值为0.2和0.5。
请注意，只有在 drv.TMIN<0 时才会估计冠层温度，否则返回TMIN、TMAX和每日平均温度（TEMP）。
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