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RSS订阅原创 R绘图之scatterplot3d
数据预处理suppressMessages(library(scatterplot3d))data_3d <- read_xlsx("all genes pca 3d - 副本.xlsx", sheet = 1, col_names = T)head(data_3d)data_3d <- data.frame(data_3d)data_3d$type <- factor(data_3d$t
2017-11-02 15:14:11
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原创 转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown)
替换镜像源，提高下载速度为了提高下载速度，我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站 备份 cd /etc/apt/ sudo cp source.list source.list.bk 替换 sudo sed -i ‘s/http/https/g’ sources.list sudo sed -i ‘s/archive.ubu
2017-09-30 16:52:40
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转载 Linux学习
nohup和&后台运行，进程查看及终止 1.nohup用途：不挂断地运行命令。语法：nohup Command [ Arg … ] [ & ] 无论是否将 nohup 命令的输出重定向到终端，输出都将附加到当前目录的 nohup.out 文件中。 如果当前目录的 nohup.out 文件不可写，输出重定向到 $HOME/nohup.out 文件中。 如果没有文件能创建或打开以用于追加，那么
2017-09-30 10:16:32
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原创 Hisat2下载
功能： 将测序结果比对到参考基因组上 网站： http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 安装：mkdir ~/biosoft && cd ~/biosoft wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip unzip
2017-09-29 19:48:01
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原创 参考基因组和注释文件下载
首先下载猪的参考基因组和注释文件 我是在ensembl上下载的，链接地址ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 选择最先版本 参考基因组下载：wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa.gz 注释文件下载：wget
2017-09-29 16:14:47
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转载 常用R包
Machine Learning 在R中最常用的包e1071 隐类分析，短时傅立叶变换，模糊聚类，支持向量机，最短路径计算，袋装集群，朴素贝叶斯分类器 等函数(142479 downloads) rpart 递归分割和回归树. (135390) igraph 网络分析工具集. (122930) nnet 前馈神经网络和多项对数线性模型. (108298) randomFor
2017-09-28 21:52:09
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空空如也
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