Hisat2下载

功能： 将测序结果比对到参考基因组上
网站： http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
安装：mkdir ~/biosoft && cd ~/biosoft
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
编译 hisat2
cd hisat2-2.1.0
rm -f *.h
rm -f * .cpp
cd ../
mv hisat2-2.1.0 hisat2

接下里添加到环境变量
进入用户的根目录 cd ~
打开.bashrc若不存在则新建.bashrc文件 vi .bashrc
在.bashrc页面最后加上想要加的路径
export PATH=$PATH:/home/yczuo/biosoft/hisat2
最后执行 source ~/.bashrc

测试是否成功
hisat2 -h

好了，大功告成了。