转录组学习
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song_1104
这个作者很懒,什么都没留下…
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参考基因组和注释文件下载
首先下载猪的参考基因组和注释文件 我是在ensembl上下载的,链接地址ftp://ftp.ensembl.org/pub/ 选择最先版本 参考基因组下载:wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa.gz 注释文件下载:wget原创 2017-09-29 16:14:47 · 7973 阅读 · 0 评论 -
Hisat2下载
功能: 将测序结果比对到参考基因组上 网站: http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 安装:mkdir ~/biosoft && cd ~/biosoft wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip unzip原创 2017-09-29 19:48:01 · 6930 阅读 · 0 评论 -
转录组软件安装及分析流程(Hisat2-Stringtie-Ballgown)
替换镜像源,提高下载速度为了提高下载速度,我们需要替换/etc/apt/source.list中默认镜像源。方法参考自中国科学技术大学开源镜像站 备份 cd /etc/apt/ sudo cp source.list source.list.bk 替换 sudo sed -i ‘s/http/https/g’ sources.list sudo sed -i ‘s/archive.ubu原创 2017-09-30 16:52:40 · 19604 阅读 · 3 评论