参考基因组和注释文件下载

最新推荐文章于 2025-02-22 18:11:36 发布
最新推荐文章于 2025-02-22 18:11:36 发布
阅读量8.4k 收藏 6
点赞数 3
分类专栏： 转录组学习 文章标签： 参考基因组 注释
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/song_1104/article/details/78134943
版权 
  首先下载猪的参考基因组和注释文件
  我是在ensembl上下载的，链接地址ftp://ftp.ensembl.org/pub/  选择最先版本
  参考基因组下载：wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/fasta/sus_scrofa/dna/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.dna.toplevel.fa.gz
  注释文件下载：wget ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-90/gtf/sus_scrofa/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.90.chr.gtf.gz
参考基因组序列下载和转录组数据过滤
BioinfoDu
03-17 1221
这个教程也是前面《转录组上游分析》系列教程的中内容，我们今天单独的给作为一个章节来推送出来，因为，并不是所有人都是有这个系列教程有需求，可能你只是对某一个章节的内容感兴趣呢？
linux基因组文件,转录组入门(四)：了解参考基因组及基因注释
weixin_42510835的博客
05-04 1975
转录组入门(4)：了解参考基因组及基因注释任务列表1.在UCSC下载hg19参考基因组；2.从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看感兴趣的基因的结构，比如TP53，KRAS，EGFR等等。3.截图几个基因的IGV可视化结构4.下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构5.了解IGV常识在UCSC下载hg19参考基因组hg19、GRCH38、 ensem...
参考基因组下载
weixin_33805557的博客
11-26 581
参考http://www.biotrainee.com/thread-1835-1-1.html hg19.fa在2.98G左右，压缩文件800-900Mb //chromFa.tar.gz cd ~/reference mkdir -p genome/hg19 && cd genome/hg19 nohup wget http://hgdownload.cse....
小白从零开始：gbff文件转gff，只有gap怎么办！
最新发布
qin18013790000的博客
02-22 1745
gbff转gff，gbff只有gap信息怎么办！小白一步步摸索的经验记录帖。
关于人类参考基因组及注释文件，一篇就够了
weixin_56827666的博客
04-27 1998
最近随着课题进展拿到二代测序数据，想要在学校通过VPN连接之前工作单位时的服务器传输数据进行生信分析，传输成功的可能性几乎为零，借着这个原由，也下了决心开始启用现在实验室给我分配的的服务器账号，意味着我在之前单位安装的软件、下载的数据库都需要重新安装、下载(为了更新一下)，当然，课题接下来需要用的软件数目和数据库的种类及大小将会成为一个大工程。本想全交给课题组的计算机老师，但两人在沟通两次后，工程量太大，决定两个人一块来整，祈祷宿舍早点能够执行晚11点关门的政策……最先下载的当属人类参考基因组了， 21年前
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
热门推荐
Baimoc
06-02 6万+
文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
如何下载人类的参考基因组和注释文件
shandg_lxy的博客
04-10 2万+
参考基因组概况 参考基因组下载的网站主要有3个NCBI,Ensembl,UCSC，一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M，解压后大于等于3G. 基因组的主要版本对应关系 参考基因组下载过程 UCSC下载参...
日本晴参考基因组
12-11
RGAP7在基因组注释上更加注重功能分类和进化分析，包含了大量的基因家族和基因共线性信息，有助于揭示基因间的进化关系和功能保守性。 这两个数据库都包含了日本晴的全基因组序列，但因为各自采用的方法和标准不同...
linux批量下载基因组、基因序列、基因组注释信息
weixin_50180187的博客
04-08 756
输入参数为：python3 down.py -i list -o .，-i参数为你想要下载的accession_number号，-o参数为输出路径；ncbi虽然有提供专门的下载的方式，但是比较复杂，如果想知道怎么下载的，可以私聊我。我这里所提供的是我改过的，可以更加方便，快捷；话不多说，批量下载开始！需要先用conda安装一个 datasets软件，然后就可以使用咯。
RGAAT:基于参考的基因组组装和新基因组的注释-开源
04-29
包括染色体，位置，id，参考），为新的基因组和已知的基因组升级装配和/或注释基因组等位基因和替代等位基因））或基于参考基因组序列文件（FASTA格式）和注释文件（TBL，GTF，GFF，GFF3或BED格式）的新基因组序列...
人类基因组参考序列及基本注释数据下载
qq_27390023的博客
10-04 4298
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=homo+sapiense1. 从UCSC下载hg38参考序列及注释数据 # 下载到当前文件夹 wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/md5sum.txt #for checking wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz
R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
01-22
R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用
R语言及BIOCONDUCTOR在基因组分析中的应用
12-06
介绍R语言及Bioconductor的包的书，比较老了，仅供了解
UCSC参考基因组下载----＞ bwa 建立index
weixin_58071895的博客
07-10 1966
UCSC参考基因组下载（最新版hg38）----> bwa 建立参考基因组index。详见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/383252096。分别复制hg38.fa.gz和md5sum.txt这两个文件链接，进行后续下载。UCSC主页:https://genome.ucsc.edu/根据自己的需要选择物种，这里以Human为例，下载hg38。点击Downloads中的Genome Data。下拉到底部，点击latest下载最新的文件。点击第三个红色框框，跳转到新的网页。
Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）
wangprince2017
11-20 1万+
Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面； 可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D
常用或特别的人类fasta参考基因组下载链接
qq_53947118的博客
01-18 6174
Fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式，一般情况下可在大型的国际基因组网站的ftp链接下载到，文件后缀名多为".fasta"、".fa"、".fna"，有的为压缩格式。比NCBI36/hg18更早的版本因为过旧，所以不显示。 一、NCBI36 / hg18 1. Ensembl release 54（别名：Homo_sapiens.NCBI36.54.dna.toplevel ） 该参考的染色体编号开头不含“chr”。 https://ftp.ensembl.org/pub/r
如何选择参考基因组和注释文件
人间飞羽
04-15 1万+
如何选择参考基因组和注释文件
参考基因组注释文件信息
大甘的博客
10-24 1712
GTF 和 GFF3 文件是基因组注释中常用的格式，它们详细描述了基因组上的各种特征及其层级关系。理解这些格式对基因组研究至关重要。它们广泛用于。
3.参考基因组下载与索引建立
weixin_53682198的博客
04-14 981
全基因组重测序数据分析——3.参考基因组下载与索引建立
下载v29的参考基因组文件
06-12
你可以从NCBI网站上下载人类基因组v29（GRCh38.p13）的参考基因组文件。以下是下载步骤： 1. 访问NCBI网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）。 2. 在网站右上角的搜索框中输入“GRCh38.p13”或“human genome v29”，然后点击“搜索”。 3. 在搜索结果中，选择“Reference GRCh38.p13 Primary Assembly”或者“GRCh38.p13 Primary Assembly”链接，进入该基因组的页面。 4. 在页面上方的“Download”选项卡中，选择“Assembly and Annotation”选项。 5. 在“Assembly and Annotation”页面中，你可以选择不同的文件格式和下载方式，例如FASTA格式的基因组序列文件和GFF3格式的注释文件。你可以选择需要的文件格式和下载方式，然后点击“Download”按钮进行下载。 注意，下载的文件可能会比较大，需要一定的下载时间和存储空间。另外，也可以从其他数据库或网站下载v29参考基因组文件，例如Ensembl和UCSC等。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值