R语言kohonen包主要函数介绍

最近准备写一篇关于自组织映射 (Self-organizing map)的文章。SOM的代码很多，研究了一圈之后目前使用最顺手的是R语言的kohonen包。

这个kohonen包功能很丰富，但是接口不是特别合理。R语言包大部分是统计学家写的，功能强大，数学上严谨，但是不怎么考虑代码的规范和简洁。

kohonen最重要的四个函数：

1. som
2. xyf
3. supersom
4. somgrid

这个命名的随意性容易让程序员抓狂。简单说，som和xyf是supersom的封装版本，分别对应单层SOM和双层SOM，如果是两层以上的多层SOM，必须使用supersom。这里需要注意一下函数的输入参数。

主要函数

som(X,...)
xyf(X, Y, ...)
supersom(data, grid=somgrid(), rlen = 100, alpha = c(0.05, 0.01),
         radius = quantile(nhbrdist, 2/3), 
         whatmap = NULL, user.weights = 1, maxNA.fraction = 0L,
         keep.data = TRUE, dist.fcts = NULL,
         mode = c("online", "batch", "pbatch"), cores = -1, init,