BerkeleyGW编译安装说明

科学计算软件编译安装方法说明 — BerkeleyGW篇 （提供免费测试 QQ 178068275）

官网：
http://www.berkeleygw.org/
下载：
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1.什么是BerkeleyGW?

The BerkeleyGW Package is a set of computer codes thatcalculates the quasiparticle properties and the optical responses of a largevariety of materials from bulk periodic crystals to nanostructures such asslabs, wires and molecules. The package takes as input the mean-field resultsfrom various electronic structure codes such as the Kohn-Sham DFT eigenvaluesand eigenvectors computed with PARATEC, Quantum ESPRESSO, SIESTA,Octopus, orTBPW (aka EPM).

2.编译环境?

如果是串行版本，需要例如Intel Compiler或者GNU Compiler编译器，如果是并行版本，还额外需要例如mpich/openmpi等mpi的编译器。

3. 安装 Intel Compiler 编译器，设置编译环境

如果使用的是Intel的CPU，建议使用Intel的编译器。
详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译 vasp，可以加载如下环境变量：

source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64

4.安装 MPI Compiler，设置编译环境

编译并行版的程序需要并行编译器，例如MPI并行的程序需要MPI编译器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。
不同的机器可能针对自身硬件进行MPI优化，天河系统的MPI是基于开源MPICH进行的二次开发优化，进而支持性能卓越的天河自主高速互联网络。
详细安装方法参见博客相关文章。

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译的mpich，可以加载如下环境变量：

export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013    
export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH    
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

5.编译软件

5.1 设置编译环境

参考上面的3、4部分。

5.2 配置文件

以1.0.6版本为例：

tar zxvf BerkeleyGW-1.0.6.tar.gz
cd BerkeleyGW-1.0.6

arch.mk文件
在config文件夹中，有README文件，是arch.mk文件的模板，可以依据自己的实际情况进行修改，也可以参考config文件夹中的文件。
后面章节会有详细介绍，此处仅给出结果。

cp config/README arch.mk

依据实际情况修改arch.mk即可。
flavor.mk文件
如果编译real版本：

cp flavor_real.mk flavor.mk

如果编译cplx版本：

cp flavor_cplx.mk flavor.mk

5.2 make & make install

make all 2>&1 |tee m.log
time make install INSTDIR=$HOME/software/berkeleyGW-1.0.6 \
     2>&1 |tee mi.log

INSTDIR参数指明了安装到哪个目录。

6.设置环境变量

编译好后，设置一下环境变量就可以使用了，设置方法如下：

export BGW_HOME=$HOME/software/berkeleyGW-1.0.6
export PATH=$BGW_HOME/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$BGW_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH

7.arch.mk文件详解

英文好的朋友，可以直接阅读berkeleyGW-1.0.6/config/README即可，下面列出主要的参数及说明。

编译参数详解

参数	值	备注
COMPFLAG	-DINTEL	编译器类型，常用的还可以选择-DPGI, -DGNU
PARAFLAG	-DMPI	并行参数，加上就是编译并行版本，否则是串行版本
MATHFLAG	-DUSESCALAPACK -DUSEESSL -DUNPACKED	数学库参数，-DUSESCALAPACK是使用ScaLAPACK数学库，-DUSEESSL是部分代码使用ESSL代替LAPACK, -DUNPACKED在EPM中优先使用解压缩的哈密顿算子。通常使用第一个就可以。
DEBUGFLAG	-DDEBUG -DVERBOSE	debug参数，对于fortran和C++,-DDEBUG开启额外的检查，-DVERBOSE输出额外的信息
C_DEBUGFLAG	-DDEBUG	debug参数，对于c,-DDEBUG开启额外的检查
FCPP	cpp -ansi	预处理器参数
F90free	mpif90 -free -fopenmp	fortran编译器参数，mpif90为编译器的名称，-free参考的是ifort参数，-fopenmp是为了支持多线程的参数
LINK	mpif90 -fopenmp	链接器参数，mpif90为编译器的名称，-fopenmp是为了支持多线程的参数
FOPTS	-O3	fortran编译优化参数，-O3 是常用的基本优化参数，还有很多，不同编译器也不一样
FNOOPTS	$(FOPTS)	fortran编译优化参数，特别针对epsilon_main和sigma_main的。因为-O3可能会遇到报错，所以额外设置该参数
MOD_OPT	-module	fortran编译参数，指明module被创建的位置，针对不同编译器是不同的，-module是ifort的参数
C_PARAFLAG	-DPARA	c++并行编译参数，并行编译保留该参数，串行编译清空该参数
CC_COMP	mpicxx	C++编译命令和参数
C_COMP	mpicc	C编译命令和参数
C_LINK	mpicxx	C/C++连接命令和参数
C_OPTS	-O3	C/C++编译优化参数
REMOVE	/bin/rm -f	删除命令，用于make clean

数学库参数详解
FFTW库
通用的fftw

FFTWPATH = /path/to/fftw  # FFTW库的路径，注意修改为实际路径，
FFTWLIB = -L$(FFTWPATH)/lib -lfftw 
FFTWINCLUDE = $(FFTWPATH)/include

或者选择 intel mkl的fftw接口

FFTWPATH = $(MKLROOT)
FFTWLIB = -L$(MKLROOT)/interfaces/fftw2xf -lfftw2xf_intel 
FFTWINCLUDE = $(MKLROOT)/include/fftw

LAPACK库
这个库有很多种，在这里给出mkl库的实现，及写法：

LAPACKLIB    = -Wl,--start-group \
               $(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a \
               $(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_sequential.a \
               $(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_core.a \
               -Wl,--end-group -lpthread

SCALAPACK库

SCALAPACKLIB = $(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a \ 
$(MKLROOT)/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a

testscript

参数	值	备注
TESTSCRIPT	qsub {architecture}.scr	如果是pbs作业管理系统
TESTSCRIPT	make check-parallel	如果是其他情况

以上就是该软件编译安装的全部内容。

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