Specally的博客

抗菌分子靶点初筛：标记和无标记技术该怎么选？哪个技术适配你的分子？经费有限、平台条件一般，能不能做无偏倚的靶点初筛？

抗病毒药物研发面临两大核心难题：小分子药物靶点难以精准确认，潜在靶点亦难区分是病毒编码蛋白还是被劫持的宿主细胞蛋白。这两点关乎药物作用机制解析与后续研发方向，相关研究为此提供清晰方案，其区分两类蛋白的严谨逻辑值得深入探讨。

药物研发中酶抑制剂占据主导地位，而酶激活剂却极为罕见。数据显示，2018-2022年FDA批准的50多款小分子药物中仅2款为酶激活剂。传统筛选方法偏向抑制剂，而热蛋白质组分析（TPP）技术通过检测蛋白质热稳定性变化，无差别识别激活剂与抑制剂。以神经毒素Tutin为例，TPP成功发现其通过激活Calcineurin引发癫痫，突破了传统探针技术的局限。TPP为挖掘酶激活剂等“暗物质”提供了高效工具，有望推动神经退行性疾病等领域的药物研发。

RBPs 与 RNA 的相互作用高度动态复杂，以 RNA 免疫沉淀（RIP）为代表的传统纯化技术存在起始细胞需求量大（需 1×107以上）、非特异性结合干扰强、操作繁琐等问题，尤其难以适配临床珍稀样本或低丰度细胞群体，开发高效、特异且 “省样本” 的 RBPs 研究方法成为领域迫切需求。

CETSA实验经验分享：从常见问题到技术拓展 本文总结了作者在CETSA实验中的实践经验。针对Western Blot高背景问题，提出了膜干燥防护、封闭液选择、抗体浓度优化和ECL底物处理等解决方案。对于熔解曲线异常现象，分析了平坦曲线、鼓包和负向热位移的原因及应对策略。此外，作者分享了从传统CETSA-WB到质谱联用技术(TPP)的进阶经验，比较了两种方法的优缺点，并提供了实用问题排查表格。文章强调不同技术应根据研究需求灵活选择，CETSA-WB适合初期靶点验证，而TPP则更适合全面靶点发现和机制研究。

难道高丰度就等同于高功能？面对海量修饰数据，我们该如何快速筛除 “伪功能位点”，精准锁定真正调控蛋白结构与细胞生理活动的 “关键选手”？希望今天读完这篇发表于《Nature Methods》的技术解析，能带给大家新的答案！

Slim-TPCA 技术简化温度点至 3-4 个，提升通量 3 倍，缩短计算时间 100 倍，保留天然互作，适合高通量筛选。

文章介绍了一种基于数据驱动的外泌体载药系统，通过蛋白质组学筛选靶点，实现精准靶向活化肝星状细胞，有效治疗肝纤维化。

TPCA技术助力揭示天然产物抗癌机制，通过分析药物与靶蛋白的复合物扰动，还原“作案现场”。

本文分析了蛋白芯片、SPR、TPP、LiP-MS四种靶点筛选技术，强调区分“广撒网”与“精验证”在筛选中的作用，帮助研究者精准选型。

CETSA通过药物诱导蛋白热稳定化，实现胞内靶点验证，无需纯化，高效解决实验脱节问题。

热蛋白质组学揭示药物脱靶效应，破解毒理谜题，助力精准研发。

研究揭示前药ProEGCG与原药EGCG在靶点选择和信号通路上有显著差异，颠覆传统前药理论。

在极端环境中，沙漠啮齿动物能抵御干旱，深海生物可耐受高压 —— 这些生命奇迹的背后，藏着一种名为 “渗透剂（Osmolytes）” 的 “分子盾牌”。它们是生物体应对逆境的核心武器，从早期被观察到的 “相容性保护” 现象，到如今成为生物技术领域的研究热点，渗透剂的神秘面纱正被两项关键技术逐步揭开。今天，我们就来聊聊有限蛋白酶解质谱（LiP-MS）与热蛋白质组分析（TPP）如何颠覆渗透剂研究范式，带来从机制解析到产业应用的全链条突破。

当外泌体被贴上 “天然纳米快递车” 的标签时，研究者往往先兴奋后头疼：兴奋的是它天生会穿组织、躲免疫细胞的 “检查”；头疼的是同一批 “快递车” 里，有的能把药送到目的地，有的半路被免疫细胞（比如巨噬细胞）“没收”，有的干脆连 “目的地大门” 都找不到。所以写论文到关键机制部分，常被审稿人问 “没证据证明药和靶点真结合了”“没验证靶点结合后有没有变样子”，卡得死死的。问题说到底：我们习惯了看 “蛋白数量变多还是变少”，却忽略了 “药到底有没有抱住靶点”“抱住后靶点有没有变形状” 这两件更根本的事。

作为长期深耕金属结合蛋白（MBPs）领域的博士生，踩过不少技术选择的坑 —— 最初面对 X 射线晶体学、NMR、ICP-MS 等一堆方法无从下手，后来接触到北大团队开发的 METAL - TPP 新兴技术，才慢慢摸清不同场景下的最优解。今天把自己整理的研究笔记分享出来，从传统技术到前沿方法，从技术细节到实验策略，帮同为研究者的你少走弯路。

做 RNA - 蛋白互作研究久了，会发现不同类型 RNA 的研究思路既有共通之处，又藏着各自的 “门道”。

必需蛋白碰不得、蛋白互作 “体外失真”、突变体表型 “知其然不知其所以然”，几乎是每个大肠杆菌研究者都会遇到的坎。直到 2018 年看到《Molecular Systems Biology》上那篇把 TPP 技术用到细菌上的文章，再到 2020 年《Nature》发布的规模化 TPP 数据集，我才突然意识到：原来这些困扰多年的难题，早就有了 “无创破解” 的思路。

摘要： 两项重要研究为解决抗癌药物研发中的靶点验证、脱靶效应等痛点提供了实用工具与方法。

在细胞周期研究领域，我们曾长期依赖 “蛋白质丰度” 解读调控逻辑 —— 以为找到 “某阶段增多 / 减少的蛋白”，就能破解细胞分裂的密码。直到两篇发表于《Cell》的研究，用一套更精准的 “蛋白状态检测法”，撕开了细胞周期的隐藏调控层。今天我们就以这两项研究为核心，复盘其研究思路、关键新发现，以及背后技术如何悄悄改写了我们对细胞周期的认知。

本文系统比较了DARTS、CETSA、SPROX和TPP四种无标记技术在天然药物靶点筛选中的应用特点。

热蛋白组分析(TPP)与细胞热迁移分析(CETSA)是药物靶点研究的两种关键技术。TPP作为CETSA的质谱延伸版本，能一次性扫描数千种蛋白，适合未知靶标发现；而CETSA则专注于单点验证，更适合已知靶标确认。关键差异体现在：TPP覆盖5000-8000种蛋白，数据解析复杂但发现能力强；CETSA操作简便，适合少量样本验证。实验策略上，TPP用于系统筛选未知靶点，CETSA则验证特定互作。最新发展显示TPP正向定量靶标占有率检测进化，两者互为补充，共同推动精准药物研发。

热蛋白组分析技术为植物研究带来突破性进展。该技术通过监测蛋白与小分子结合后的热稳定性变化，实现无偏见的蛋白互作筛查。两项代表性研究展示了其在植物领域的应用价值：PISA分析针对叶绿体代谢物-蛋白互作，通过优化分离和标记策略，成功筛选出抗坏血酸的关键作用靶点；CETSA-MS则突破细胞壁障碍，结合磷酸化组学解析了油菜素内酯与生长素的协同调控机制。这项技术具有高通量、无需遗传改造、适配植物特殊结构等优势，未来将在作物育种、抗逆机制研究等领域发挥重要作用，为理解植物分子互作提供了全新工具。

在医药研发领域，“老药新用” 一直是绕不开的黄金赛道 —— 跳过漫长的安全性验证，直接挖掘现有药物的新潜力，可大幅缩短研发周期、降低风险。但最大的瓶颈始终是：找不到老药的新作用靶点，不知道它能如何作用于疾病通路。而热蛋白组分析（TPP）技术的出现，彻底打破了这一僵局。它就像给科研人员装上了 “火眼金睛”，能在活细胞内精准捕捉老药的作用靶点，让老药新用从 “靠运气” 变成 “有方向”。

热蛋白组分析（TPP）作为筛选药物靶点、解析蛋白热稳定性的核心技术，实验成败的关键往往藏在 “温度梯度” 这个细节里 —— 选对温度范围、间隔和加热条件，才能精准捕获蛋白熔化曲线，避免数据 “失真”。今天就带大家来拆解不同实验场景下的温度梯度设置逻辑，从活细胞到微生物，从粗略筛选到精准测 Tm，废话不多说，干货直接拿走去用～

哪些蛋白是扛住热浪的 “耐热勇士”？蛋白的结构、互作又如何影响抗热能力？热蛋白组分析（Thermal proteome profiling，TPP）正是解锁这些谜题的关键。

TPP 家族藏着 4 大核心技术，那他们各自适配怎么样的应用场景呢？今天就带大家用 “技术性格 + 场景匹配 + 顶刊案例” 的干货组合，吃透 TPP 技术选择逻辑，不管是初筛化合物、深析机制，还是临床样本分析，都能找到专属方案～

今天这份整合了顶刊经验、标准 protocol 的保姆级攻略，把复杂实验拆成 6 步直接抄，连避坑细节都标好了！新手也能照着做，少走 90% 的弯路，发高分论文的机会这不就来了？！

热蛋白组分析（Thermal Proteome Profiling, TPP）这项 “科研神器”，用十年时间彻底改写了药物与蛋白质研究的游戏规则！