Error in topTable() : unused arguments (show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)

当我分析CyTOF数据的时候，走到差异分析得时候，

topTable(da_res1, show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)

出现了错误：

Error in topTable(da_res1, show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2) : 
  unused arguments (show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)

然后我以为里面的参数弄错了，我就??topTable，然后选择diffcyt，因为差异分析我用的是这个包，所以想当然我查看得就是这个包里的topTable函数，

然后查看里面的参数，

没有问题

 但我还是以为哪个参数用错了，我就把后面的参数都去掉了

topTable(da_res1)

还是报错，但报错内容变了【更新了找不到了】

但里面有个fit什么的，我就很奇怪，参数里也没有这个，

然后我就想会不会是其他包里的函数，把diffcyt包里的topTable给我覆盖了，然后我就在??topTable下搜索，果然有个limma，

点进去之后，发现了！！！！

 

 

并且，我在运行这个的时候发现，就是这样的，实锤了！

> args(topTable)
function (fit, coef = NULL, number = 10, genelist = fit$genes, 
    adjust.method = "BH", sort.by = "B", resort.by = NULL, p.value = 1, 
    lfc = 0, confint = FALSE) 
NULL

接下来就是

detach("package:limma", unload = TRUE)

然后在运行

topTable(da_res1, show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)

topTable(da_res1, show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)

非常顺利，没有报错，嘿嘿！