GEO数据分析step3

最新推荐文章于 2023-09-27 23:22:15 发布

JiangCaifu

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分类专栏：生物信息

本文链接：https://blog.csdn.net/JiangCaifu/article/details/101384811

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本文详细介绍了在GEO数据集中进行基因差异分析的步骤，涵盖了如何筛选和比较不同条件下的基因表达差异，为后续生物学研究提供关键信息。

摘要由CSDN通过智能技术生成

step3：基因差异分析

#Step3:DEGs
rm(list = ls())  ## 魔幻操作，一键清空~

options(stringsAsFactors = F)

load(file = 'step1-output.Rdata')

# 每次都要检测数据

dat[1:4,1:4] 
#table函数，查看group_list中的分组个数
table(group_list) 

#通过为每个数据集绘制箱形图，比较数据集中的数据分布
#按照group_list分组画箱线图
boxplot(dat[1,]~group_list)



bp=function(g){         #定义一个函数g，函数为{}里的内容
  #加载绘图包
  library(ggpubr)
  #产生一个数据框，参数是数据框后边的内容
  df=data.frame(gene=g,stage=group_list)
  
  p <- ggboxplot(df, x = "stage", y = "gene",
                 #颜色与背景的设置
                 color = "stage", palette = "jco",
                 
                 add = "jitter")
  
  #  Add p-value
  
  p + stat_compare_means()
  
}

bp(dat[1,]) ## 调用上面定义好的函数，避免同样的绘图代码重复多次敲。

bp(dat[2,])

bp(dat[3,])

bp(dat[4,])

dim(dat)



library(limma)
#factor因子：把数据以向量的形式存储
#group_list:生物数据的分组信息
design=mod