差异表达基因变化倍数_10.limma教程|差异表达统计相关理论

最新推荐文章于 2024-02-14 20:12:31 发布
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文章标签： 差异表达基因变化倍数
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本文介绍了使用R中的limma包进行差异表达基因分析的方法，包括使用topTable和decideTests函数进行统计检验，重点讲解了log2倍数变化、修正t统计量、p值和q值的概念，并阐述了如何控制错误发现率。
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10.1 Top-Tables  简介

limma包提供topTable和decideTests函数概括线性模型结果，进行假设检验，调整p值进行多重检验。结果包括(log2)倍数变化，标准误差，t统计和p值。用于显著性分析的基本统计量是修正t统计量，它是为每个探针和每个对比计算的。与普通t统计说明相同，除了标准误差是在基因间被调节，例如，使用简单的贝叶斯模型缩放到一个相同的值。它的作用是从基因集合中借用信息来帮助推断每个基因。修正t统计与普通t统计产生p值的方式相同，只是自由度增加了，反映了与平滑标准误差相关的更大的可靠性。

函数topTable提供了顶部差异基因和所选对比度的信息汇总。logFC列给出了对比的值， 通常这表示两个或多个实验条件之间的log2倍数变化，尽管有时它表示一个log2表达水平。AveExpr列给出了该基因在实验中所有阵列和通道中的平均log2表达水平。t列是修正t统计值。p值列是相关的p值，adj.P  值是多重检验的P值。最常见的调整是用Benjamini and Hochberg’s method来控制错误发现率。如果目的是控制和估计错误发现率，这个调整值通常叫q值。如果所有q值都低于阈值0.05的基因作为差异表达基因，那么在这个挑选出来的组中

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Error in topTable() : unused arguments (show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)
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Error in topTable() : unused arguments (show_props = TRUE, format_vals = TRUE, digits = 2)
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我这个人完全没办法在不了解算法的情况下用一个包，那样我会疯，可是网上居然完全找不到limma算法的讲解资料，全是介绍怎么用的。 可能我太初级了，这么简单的算法大概不值得一提…… 于是搞了一天原文，和东拼西凑的统计学知识，把现在了解的先总结一下： limma是做差异表达的包，其算法核心在两个function上： lmfit（）以及eBays（） lmfit（）就是multiple linear regression 假设我们有基因表达矩阵Y=[y1,y2,...y100]Y=[y_1,y_2,...y_{10
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limma包是R语言中常用的差异表达分析包之一，它可以用于处理基因芯片和RNA测序数据。其中，limma包中的fold change（倍数）是一种常用的基因差异表达指标。下面是使用limma包计算基因差异倍数的示例代码： ```R # 导入limma包 library(limma) # 假设我们有一个基因表达矩阵data，其中行表示基因，列表示样本 # 假设我们有两个条件，分别为condition1和condition2 # 假设我们想要计算condition2相对于condition1的基因差异倍数 # 将数据转换为ExpressionSet对象 data <- as.matrix(data) rownames(data) <- gene_names colnames(data) <- sample_names eset <- new("ExpressionSet", exprs=data) # 创建设计矩阵 design <- model.matrix(~condition1+condition2, data=colData(eset)) # 拟合线性模型 fit <- lmFit(eset, design) # 计算基因差异倍数 contrast.matrix <- makeContrasts(condition2-condition1, levels=design) fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix) fit2 <- eBayes(fit2) foldchanges <- fit2$coefficients[,1] # 输出基因差异倍数 print(foldchanges) ``` 在上述代码中，我们首先将基因表达矩阵转换为ExpressionSet对象，并创建了一个设计矩阵。然后，我们使用lmFit函数拟合线性模型，并使用makeContrasts函数创建对比矩阵。最后，我们使用contrasts.fit和eBayes函数计算基因差异倍数，并输出结果。
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