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转载 使用蚁群算法加邻域搜索算法解决带有起点和终点的TSP问题(python)
经典的TSP问题,是通过随机初始化蚂蚁的起始地点,然后设置每个城市都可以访问,访问完所有的城市那么结束循环,来形成回路的。带有起始点的TSP问题就是,初始化时蚂蚁的初始点只能是起点,并且如果没访问的城市还有两个或者以上那么就设置终点不可访问(当访问的城市只剩最后一个时候打开即可,我的程序中是设置open_table的布尔值)。所以带有起点和终点的TSP问题相对于经典的TSP问题使用蚁群算法进行求解的时候只用改两行代码即可,非常的简单。这个蚁群算法是使用op2优化(邻域搜索优化)的蚁群,基本上100个城
2021-06-06 10:46:48 2476
原创 LTRharvest使用教程(中文首发)
LTRharvest是一个检测和提取长末端重复序列(LTR,Long Terminal Repeat)逆转录病毒的工具,通常用于基因组序列分析,特别是在植物和动物基因组中鉴定LTR逆转录转座子。它是基于软件包的一个模块。以下是使用LTRharvest。
2024-09-06 17:38:58 563
原创 使用FRP软件进行内网穿透的详细教程(全网最全!内含BUG解析)
配置frps.toml[common]配置frpc.toml[common][web]在浏览器中访问。
2024-08-30 20:27:48 2527
原创 新知 | 蜜蜂的表观遗传学研究进展近期文献总结
本研究为了探讨m6A修饰在蜜蜂中的功能,通过质谱检测和m6A-seq测序描述了蜂王和工蜂幼虫在三个龄期的m6A甲基化组,发现m6A甲基化水平能被差异喂食改变。值得注意的是,我们发现。该研究首次表明m6A甲基化在蜜蜂幼虫发育和等级分化中的重要作用,也为将来进一步深入理解昆虫等级分化的机理开辟了新的方向。本课题Cell Report文章由骆观正教授实验室博士生李言、北京大学的肖雨博士、中国农业科学院的王妙博士为论文共同第一作者,骆观正教授、贾桂芳教授、吴黎明教授和薛晓锋教授为共同通讯作者。
2024-08-20 22:50:24 599
原创 fasta文件每条序列按照序列长短命名并排序,支持自定义字符串rename_length.sh.V2
用法: ./rename_fasta_with_rank.sh input.fasta output.fasta PREFIX_
2024-07-28 15:25:59 145
原创 sequence.seq
Sgu08g08570.t1 gene=Sgu08g08570ATGAAAAGCCATTCTACGTTTTTCAATAAAACTCAACAAAAAGACCATGATAAAAGTTCTCACTACTCTGTATCAGAAGAAAAGAAAGGAGATGATCATGAATATCCAAGAGATCTGAATAAAGACCATAAGCATACAAAATCTCATTCAGATCTAGACTATCAATCTTATTTAACACGTAGAAGACGTGAGTGGCAAAAGGAGCAAGAACTACTTAGAA
2024-07-24 16:56:53 266
原创 配合busco训练Augustus
通过这些步骤,你可以使用BUSCO的结果来训练Augustus,从而提高基因预测的准确性。重要的是,在每个步骤中都要仔细检查输出和日志文件,确保训练过程没有出现错误。BUSCO完成后,它会在输出目录中生成一些结果文件,其中包括run_/augustus_output/retraining_parameters目录,里面包含用于重新训练的初始参数。首先,创建一个新的物种目录来存储新训练的参数。BUSCO会生成一些包含高质量单拷贝直系同源基因的信息文件,这些文件可以用来训练Augustus。
2024-06-01 22:26:29 457
原创 getFaLen.pl
perlif ((!definedchomp;gene,_,2);eq;printOUTclose IN;close OUT;
2024-05-21 00:33:05 197
原创 解压命令!
在 Linux 和 macOS 系统中,你可以直接使用gzip工具进行解压缩.gz文件。这个命令将会将压缩文件解压缩,并且移除.gz文件。
2024-04-01 17:21:29 133
原创 python解决序列重叠问题
注:如果你需要去重的格式不为blast tabular,简单的利用一些工具如awk/sed/perl/python/shell各种改变格式就好,只需要第二列的id,第九列的序列起始,第十列的序列结束,第十二列的得分有意义,作为排序用到的字段,其余字段都可缺省。对HSP区域的延伸要考虑基因的长度以及目标基因组scafflod or chromosome长度,不是一件容易的事情。去重叠的原理在于先排序,然后判断前一区间的末尾是否小于后一区间开始,若为假则重叠,根据长度/得分来判断删除前一区间还是后一区间。
2024-03-28 15:19:22 606
原创 Python 中可以用来生成 SVG 图的库
cairosvg: CairoSVG 是一个用于将 SVG 图形渲染为其他格式(如 PNG、PDF)的库,但它也可以用来将 SVG 图形渲染为 SVG 格式。通过调用 savefig() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件,您可以保存 Matplotlib 图形为 SVG 格式。通过调用 output_file() 函数并将文件名设置为以 .svg 结尾的文件,您可以将 Bokeh 图形保存为 SVG 格式。plotly: Plotly 是一个交互式图表库,可以生成各种类型的图形,包括 SVG。
2024-03-20 19:53:12 633
原创 linux让前台正在执行的命令转入后台并nohup的方法
This process is the equivalent of running nohup SOMECOMMAND
2024-03-13 16:53:12 344
空空如也
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