群体基因组学
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群体基因组学知识及方法
Odd_guy
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基于vcf文件计算位点频谱SFS——easySFS
位点频谱(site frequency sperum)是使用遗传数据进行群体历史研究的基础数据,easySFS.py将可以将划分好群体的snp.vcf文件转换为SFS,该脚本输出可适用于和∂a∂i两个进行群体历史研究的主流方法。原创 2024-01-26 17:20:57 · 1038 阅读 · 0 评论 -
基于GATK(Genome Analysis Toolkit)进行SNP calling
(Genome Analysis Toolkit)是进行DNA和RNAseq数据变异检测的常用工具,目前已成为变异检测的“金标准”。本文提供其与其他软件联合使用进行SNP calling的方法。原创 2023-11-20 09:58:44 · 785 阅读 · 0 评论 -
基于GATK流程化进行SNP calling
在进行时,以群体基因组重测序数据为例,涉及到的个体基本都是上百个,而其中大多数流程均是重复的步骤。本文将基于GATK进行SNP calling的流程写入循环,便于批量分析。原创 2023-11-20 10:45:04 · 448 阅读 · 0 评论